公元27年
正月初六，刘秀任命冯异为征西大将军。邓禹对于自己身受重任而没有功劳感到惭愧，多次用饥饿的士卒去攻击赤眉军，却总是打败仗。于是他和车骑将军邓弘邀冯异和他一起攻打赤眉。冯异认为需要徐图赤眉，而邓禹不听，上去就干，大败。冯异也抛弃战马奔逃，上了回溪阪，和部下数人回到营寨，招集离散的士兵，重新固垒自保。
十八日邓禹呈上大司徒、梁侯的印信绶带。刘秀下诏还给邓禹梁侯的印信绶带，任命他为右将军。
此时冯异同赤眉军定好日期会战。冯异轻兵诱敌，让士兵穿上赤眉军的衣服作为伏兵，战事正酣的时候杀出，赤眉军大败。刘秀赞扬了他。表示正在为他论功行赏。
赤眉军残部向东方的宜阳移动。刘秀亲率大军，严阵以待。赤眉军惊慌失措，于是，刘盆子派刘恭向刘秀乞降，二日后，献出所得的传国玉玺和绶带。赤眉部众还有十余万人，刘秀命令宜阳县厨房赐给所有人食物。
二月，此时刘永封赏张步为齐王。详情见故事一。
吴汉率领耿、盖延在轵县西攻打青犊军，大破青犊军并使之归降。
三月刘秀任命伏湛当大司徒。
涿郡太守张丰反叛，并和彭宠的军队联合起来。朱浮请求向刘秀要援兵，刘秀没有应许，朱浮所在的蓟城粮食吃尽，出现人吃人的现象，赶上耿况派骑兵来救援，朱浮才能够脱身逃跑。于是蓟城向彭宠投降。彭宠自称为燕王，进攻夺取右北平、上谷的几个县。贿赂北方的匈奴，作为援军，又向南结交张步及富平、获索各路贼军，与他们建立联系。
此时刘秀亲自率军讨伐邓奉。四月，大败邓奉。刘秀怜惜邓奉是功臣故旧，而且反叛是因吴汉所逼，想要保全宽恕他。被部下制止，邓奉卒。
延岑打败赤眉军以后，打算占据关中。当时关中地区各路盗贼气势还很旺盛。他们各称将军，拥有士兵，多的一万余人，少的数千人，各军之间互相攻击。延岑联合关中其他的两个将领打冯异，冯异迎击，大败联军。当时粮食非常珍贵，冯异的士兵都以果实充饥。刘秀派专人运送物资给冯异。冯异打击诛杀豪强，褒扬奖赏归降有功劳的人，遣散各部落众人，首领都送到洛阳，威振关中。只有吕鲔、张邯、蒋震派出使者投降占据西蜀的公孙述，其余全部平定。
吴汉派各个手下将军在广乐包围苏茂。周建派援军救援，吴汉不能胜，并受伤。吴汉带伤勉励士卒，军中士气倍增。第二日交战，敌军大败。苏茂逃回湖陵。此时睢阳人在城内叛乱，迎接刘永进城。东汉大将盖延率众将领包围睢阳。吴汉派兵协助盖延包围睢阳。
刘秀从小长安率军返回。命将领等向南攻打秦丰。
延岑进攻南阳，夺取了几座城。东汉建威大将军耿弇与其交战，延岑大败。延岑逃向东阳，与秦丰联合。东汉建义大将军朱祜与延岑在东阳交战，打败延岑。延岑逃到秦丰的黎丘。于是朱祜南下与岑彭等军队汇合。
秦丰在邓县抗拒岑彭。七月岑彭击败秦丰。扬州全部平定。
盖延包围睢阳达一百天。刘永、苏茂、周建突围而出准备跑路，刘永被部下杀死。苏茂、周建逃到垂惠，一齐拥立刘永的儿子刘纡当梁王。刘永的另一将领佼强逃到西防据守。
耿弇从容地向刘秀说，他请求北上招收上谷郡还没有调动的士兵，在渔阳铲除彭宠，在涿郡打败张丰；返回洛阳时消灭富平、获索军；向东攻击张步，从而平定齐地。刘秀认为他很有雄心壮志，答应了他的要求。
这一年，李宪在庐江称帝。
刘秀采取太中大夫来歙建议，拉拢隗嚣，让相西州公孙述归附。
公元28年
延岑又攻打顺阳。刘秀派邓禹攻打延岑，延岑逃往汉中。公孙述任命延岑当大司马，封为汝宁王。
田戎听说秦丰被打败，感到恐慌，准备投降。部下劝他继续观察时局。田戎带着兵打算进军黎丘投降。派自己人辛臣留守，辛臣盗取田戎的珍宝，从小路逃跑，先向岑彭投降。并写信招降田戎。田戎怀疑被出卖，占卜了一下，大凶。于是和秦丰联合。岑彭打败田戎，田戎逃回夷陵。
四月刘秀派部将击败五校军。鬲县五大家族联合起兵，驱逐代理县长，据城反叛，吴汉认为是用人失当，并没有同意用兵，而是安抚招降。城中五大家族非常高兴，立刻相继投降。
五月。刘秀准备亲自征讨彭宠。被伏湛劝阻渔阳不过小地方而已，咋们要先对付兖州、豫州、青州、冀州上的敌人。
刘秀派朱祜，耿弇，祭遵，刘喜讨伐张丰。张丰被刘喜生擒，斩首。刘秀下诏让耿弇进攻彭宠。耿弇因为自己父亲和彭宠的关系怕被猜忌，让弟弟耿国到洛阳。此时，彭宠率领匈奴的军队准备袭击祭遵，刘喜部队。匈奴被耿况，耿舒父子击退。
七月，刘秀派马武，王霸包围刘纡、周建。
此时刘秀另一支部队受挫，详情见故事二。
八月，刘秀派马成，刘隆等三位将军攻打会稽、丹阳、九江、六安的李宪。九月在舒县包围李宪。
天下大乱之际只有临淮郡大尹河南人侯霸能够保全一郡平安。刘秀征召侯霸在寿春见面，任命他当尚书令。
隗嚣派马援观察公孙述，公孙述对马援非常礼遇，但还是有所猜忌，马援认为不堪大用，于是告辞返回，对隗嚣如实以告认为我们应该投靠刘秀。
于是隗嚣派马援带着给刘秀的信到洛阳去。见到刘秀，夸赞一番。援曰，天下反覆，盗名字者不可胜数。今见陛下恢廓大度，同符高祖，乃知帝王自有真也。
十一月，岑彭围攻秦丰三年，斩杀九万余人。十二月，刘秀到前线招降秦丰，秦丰不肯投降。于是派朱祜包围黎丘。派岑彭、傅俊率军南下，攻打田戎。
此时公孙述聚集军队数十万人，在汉中囤积粮食。又建造十层高的楼船，大量刻制天下州郡长官的印章。派李育、程焉率兵进军。冯异迎击，大败敌军。李育、程焉二人逃往汉中。冯异顺道又解决了吕鲔，此时沿途大量营寨纷纷投降。
隗嚣派遣军队协助冯异作战有功，派使者人给刘秀上书报告情况。刘秀亲自写信赞扬并肯定，希望二家不能各有心思而要同心协力。从那以后，公孙述几次派将领秘密出兵，隗嚣都同冯异联合起来，一齐将公孙述军挫败。公孙述派使者授予隗嚣大司空、扶安王的印信，被隗嚣诛杀。于是公孙述发兵攻击隗嚣。
泰山郡的豪强大多和张步的军队联合。吴汉推荐强弩大将军陈俊做泰山太守。张步的军队被击败，泰山郡被平定。
公元29年
刘秀派遣来歙持符节送马援回到陇右。隗嚣见到马援之后问情况，马援狂吹刘秀。详情见故事三
苏茂率领五校军在垂惠援救周建。这二人都被王霸击溃。
彭宠部下谋反，彭宠卒，首级被部下取走，送到东汉京师洛阳。彭宠的尚书韩立等共同拥立彭宠的儿子彭午为燕王。彭午又被部下诛杀，斩首，首级带往东汉征虏将军祭遵处。祭遵把彭宠家族全部杀死。刘秀封子密（彭宠部下）为不义侯。
刘秀任命扶风人郭伋做渔阳太守。郭在职五年，户口增加一倍。
耿况到达洛阳，被赐予上等住宅，有权参加朝会，并封他为牟平侯。
吴汉率领耿弇、王常在平原郡攻打富平、获索贼军，大败贼军。刘秀接着颁诏书，命耿弇进军讨伐张步。
平敌将军庞萌，刘秀非常信任他，派他和盖延共同攻打董宪。当时诏书只颁给盖延而没有颁给庞萌，庞萌以为，盖延在刘秀面前诽谤自己，起疑，于是叛变攻打盖延军，与董宪联合起来，自称东平王。刘秀得知大怒，打算亲自干掉他。
庞萌攻下彭城。岑彭攻下夷陵，田戎逃入蜀地。公孙述封田戎为翼江王。
此时隗嚣有争夺天下的意思，班彪觉得人心思汉，你这个想法有问题啊，于是班彪为他撰写了《王命论》，用深刻的话进行讽喻，劝告隗嚣。隗嚣不听班彪的劝告。班彪于是躲避到河西。窦融任命他当从事，十分礼敬尊重。班彪让窦融专心一意为东汉朝廷效力。
当初窦融因为河西和洛阳相隔遥远，不能和刘秀联络，于是隗嚣那里接受东汉“建武”的年号。隗嚣一并授给他将军印信和绶带。隗嚣派人去说服窦融一起结盟。窦融叫大家商议，窦融于是决定归顺东方的刘秀，派人带信到洛阳刘秀处，之前刘秀也派使者给窦融，二人路上相遇，于是一起回到洛阳。刘秀非常高兴，任命窦融当凉州牧。诏书传到河西，整个地区震惊，认为天子明察，远到万里之外。
朱祜猛烈攻打黎丘，六月秦丰投降，卒。吴汉弹劾朱祜不顾诏命，接受秦丰投降。刘秀没有怪罪朱祜。
董宪和刘纡、苏茂、佼强离开下邳，回到兰陵，让苏茂、佼强协助庞萌围攻桃城。刘秀亲自率领轻装部队，日夜奔驰赶赴救援。并且马不停蹄前往守卫，到达之后叫来吴汉一起过来救援。城内军心更加牢固。庞萌等攻打二十多天，不能攻下。吴汉、王常、盖延、王梁、马武、王霸等都到达后，刘秀带大军进攻，亲自参加战斗，大破敌军。庞萌、苏茂、佼强连夜逃跑，投奔董宪。
七月，刘秀转战，大破董宪。佼强率领部众投降，苏茂投奔张步，董宪和庞萌逃跑，据守郯县。八月，刘秀攻取彭城、下邳。吴汉攻占郯县。董宪、庞萌逃到朐县据守。刘纡，卒。朐县被吴汉包围。
耿弇攻打张步，张步连连失利，不能防守。于是济南郡被平定。张步与耿弇决战，张步二次大败，撤军又被伏击，再次大败。几日后刘秀抵达临菑，亲自慰劳军队，大会文武百官。大力肯定赞扬了耿弇的功劳。
耿弇又追击张步。张步逃到平寿县，苏茂派人救援，刘秀派人说，二人有人杀死对方投降的封侯，于是张步杀死苏茂，投降。刘秀下诏赦免张步和其家属，封张步为安丘侯，让他和妻子儿女住在洛阳。
当时琅邪郡还没有平定，刘秀调陈俊当琅邪太守。陈俊刚刚入境，盗贼全都散去。耿弇又率军抵达城阳，收降五校军残部，齐地全部平定。
耿弇为将领，一共平定四十六个郡；屠城三百座，未曾被敌人击败过。
东汉开始兴建太学。
隗嚣想要称王。被劝阻作罢。当时很多人劝刘秀攻击公孙述，刘秀把这些书信给隗嚣让他打公孙述，隗嚣不肯，刘秀知道他脚踏两条船，于是退一步让他儿子入宫来服务，隗恂去到洛阳，刘秀任命隗恂当胡骑校尉，封镌羌侯。
隗嚣依靠地势的险阻，想要专制一方。申屠刚劝说隗嚣，隗嚣不听。于是外来的士人及长者逐渐地离开他。
王莽末年，交趾所属各郡封闭边境自守。后来一一归附刘秀。
下面是故事四则摘自《资治通鉴·汉纪三十三》
故事一
刘永封董宪为海西王。刘永听说伏隆到达剧县，便也派遣使者封张步为齐王。张步贪图王爵，犹豫不决。伏隆解释说：“高祖曾向天下规定，除刘姓皇族外不能封王爵，现在你仅能成为做十万户侯罢了！”张步想留下伏隆，与他共同据守青、徐二州。伏隆不同意，要求能返回洛阳报告情况。于是张步拘捕伏隆而接受刘永的封爵。伏隆派密使上书说：“我奉命出使，不能完成使命，被叛逆拘捕，处于险境。我虽然身处艰难窘迫之中，但为完成陛下授予的使命，即使牺牲生命，也在所不惜。再有，官民们知道张步叛变，民心不能归附。希望陛下及时进军，不要顾念我。我能够活着回到朝廷，被主管官吏诛杀，这是我最大的愿望。假如我死于叛贼之手，就把父母兄弟长期托付给陛下。祝福陛下和皇后、太子永远享受万国的拥戴，同上天一样无穷无尽！”刘秀得到伏隆的奏书，召见他的父亲伏湛，流着眼泪把奏书拿给他看，说：“我恨不得暂且许诺张步封王而马上求得伏隆返回！”后来，张步终于杀了伏隆。当时，刘秀北方担心渔阳，南方担心梁国、楚国，所以张步能够独霸齐地，占据十二个郡。
故事二
董宪的将领贲休献出兰陵县投降。董宪得到消息，从郯县率军包围兰陵。盖延与平狄将军山阳人庞萌在楚驻屯，请求前往兰陵救援贲休。刘秀告诫说：“大军可以去直捣郯县，兰陵之围自然就会解除。”盖延等认为贲休所守的兰陵城危险，于是先奔赴兰陵救援。董宪迎战，然后假装战败撤退。盖延等因此攻破围军进城内。第二天，董宪率大军合围。盖延等恐惧，迅速突围逃跑，于是前往攻打郯县。刘秀责备盖延等人说：“先前要进攻郯县，是由于出其不意的缘故罢了！现在既然败逃，敌人的计谋已经确定，怎么还能解除兰陵之围呢！”盖延等到达郯县，果然不能攻克。而董宪终于攻陷兰陵，诛杀贲休。
故事三
刘秀派遣来歙持符节送马援回到陇右。隗嚣和马援一同睡觉、起床，询问东方的情况。马援说：“先前到朝廷，皇上接见我有数十次。每次接见，都在一起闲谈，从晚上一直到天亮。他的聪明才智，勇气谋略，不是他人所能匹敌的。并且心胸开阔，坦率真诚，无所隐藏，豁达而注重大节，和汉高祖很相像。他博读经书，政事处理得条理清楚，前世的帝王没人能够和他相比。”隗嚣说：“你认为他和汉高祖相比，怎样？”马援说：“不如。高祖没有什么可以不可以，而当今皇上喜好处理政务，行动符合规矩，又不喜欢喝酒。”隗嚣感到不高兴，说：“要像你说的那样，皇上反而比高祖更高明了！”
此纪讲述了刘秀辗转南北不断征战，且手下兵勇将锐有勇有谋，版图土地进一步扩大，与此同时刘秀对部下的管理以及敌人的消灭非常有一套，擅长攻心，非常厉害，说他是位面之子，是不对滴。
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