孙承宗在“己巳之变”中被崇祯官复原职并兼兵部尚书，派其去通州驻守。袁崇焕被抓、祖大寿破关而出后，孙承宗就肩负起了防卫京畿收复失地的重任。至崇祯三年五月“己巳之变”结束，孙承宗因功加封为太傅、子孙世袭锦衣卫指挥佥事，并命其接替袁崇焕再次督师蓟辽（也有温体仁不想他留在朝中参与内阁的原因）。
关宁防线是否能阻挡住后金大军入关，此时的孙承宗就算是不持否认的态度起码心里也是打问号的，毕竟皇太极刚从蓟州入关在京畿劫掠了大半年。此时大明该怎么办呢？东出剿灭后金永绝后患，孙承宗肯定想但他也明白对现在的明军来说这是痴人说梦。那如熊廷弼、王在晋当年所言，放弃关外将防线收缩回山海关、蓟州一线呢？
首先还是老问题，弃土责任谁来背？毕竟宁远到山海关两百多里的地盘还在明军的手中。款奴割地的帽子谁愿意抗？这事儿在朝廷官僚异常热心于斗争的情况下，只有崇祯乾坤独断才行。但是朝廷二百多年延续的制度（皇帝保有决策权，但是提出和制定政策的权力一般来说在官员）、以及崇祯自己的性格注定了不可能。
另一个问题是关宁军不同意，准确地说是辽西将门不同意。他们通过屯田获取的土地全部在关外，人可以撤回关内，但是地撤不回来。而“己巳之变”也让朝廷和关宁军意识到，关宁军是朝廷唯一称得上有战斗力的军队，朝廷现在也没有多少制衡关宁军的能力。
孙承宗也不是个勇于革新的人，他的办法是将防线继续向前推。一是可以通过修城筑堡获取“复土”的战功，二是他认为只要将防线不断地前移深入后金腹地，后金也就不敢再绕道了。
而且蚕食之下总归有后金无法忍受的一天，到时候就可以凭坚城用大炮消耗后金了。至于钱从哪里来，就让大明的臣民们再勒勒裤腰带艰苦几年，没有国就没有家嘛。
很快孙承宗就选定了新建防线的位置，锦州。天启六年宁锦大战后，时任蓟辽总督的阎鸣泰认为锦州、大凌河为守之无用的鸡肋之地，在奏请天启之后将关宁军后撤收缩到宁远一线。
后金方面也无意占据此地，使得大凌河、锦州一带成了没人管的真空地带。而且锦州城防基本完好，大凌河也还是当初半成品的状态。在此处构建新的防线即快又省钱。孙承宗就命辽东巡抚丘禾嘉进驻锦州，前锋总兵官祖大寿率一万四千多官兵，一万五千多夫役商民修筑大凌河城。一番准备后祖大寿于崇祯四年七月中旬率众到达大凌河开始筑城。
祖大寿，字复宇，世居辽东，是宁远卫世将，到他这一代，已历五世，皆以军功发家。其于泰昌元年（1620年）授职靖东营游击，因临阵脱逃被熊廷弼处分切责，革职留任；王化贞后将其提拔为巡抚中军游击，命其跟随孙得功入援被围困在西平堡的罗一贵，结果他做了逃兵，远走觉华岛。
崇祯二年“己巳之变”中又做了逃兵。祖大寿虽然打仗爱逃，但是修城却是一个好手。宁远、锦州以及关宁锦这条线上的诸多堡垒都是他的手笔，此次孙承宗安排他继续修筑大凌河，也是希望将大凌河建成宁远那样的坚固堡垒。
虽然后金本没打算要这块地，但是后金也不希望明朝要这块地。一听说明军又回到锦州、大凌河一带修城筑堡,皇太极就觉得机会又来了。崇祯四年七月二十七日，皇太极率军从沈阳出发，直扑大凌河。
由于后金行军迅速，大凌河的祖大寿连撤退的机会都没有，而此时筑城还不到二十天，城墙刚勉强完工，垛墙才修了一半。更重要的是因为城还没有建好，守城的器械、粮草并没有多少储备。
然后后金军并没有攻城，皇太极也搞起了大规模土建，他在大凌河周围挖了四道壕沟，壕沟外筑墙、设置拒马……这还不算完，又在外围绕城设置营盘四十五处；将新铸的四十门红衣大炮运到了大凌河城下；命令额驸佟养性率领汉兵把大量大炮安放在西面通往锦州的大道上，以堵截明朝援兵。用皇太极的话说就是“不许放一人出城”。
后金如此大费周章的原因祖大寿很清楚，就是要围城打援。祖大寿不甘心坐以待毙，从八月初到九月中旬这四十多天里，组织了四次突围，但是每次都被打回，而且只要祖大寿回城，后金军就收兵，用意就很清楚了，作为诱饵，你祖大寿得活着。这四十多天里孙承宗也没有不管祖大寿。
八月十六日，从松山出动两千人救援大凌河，败。
八月二十六日，巡抚丘禾嘉与山海关总兵宋伟、团练总兵吴襄（有个很出名的儿子，吴三桂）合兵六千救援，败。
九月十六日，丘禾嘉再次从锦州出兵救援，刚到小凌河就被后金军杀败并一路追杀回锦州城。
九月二十四日太仆寺卿、监军张春会同吴襄、宋伟率战将百余员，集结了马步兵四万余救援大凌河，大军与后金对峙于大凌河城东南的长山。对峙三日后，明军大军出营，向大凌河城推进，皇太极令骑兵冒死从两翼向明军冲锋，吴襄一军先乱（也有说他临阵脱逃，战后他确实被下狱，但若真是临阵脱逃应该是斩首，所有这个存疑），吴襄军一溃，很快明军其它各军都阵脚大乱，纷纷溃逃。
明军伤亡惨重，主将张春、都督张洪谟、副将杨华征、薛大湖及参将、游击、都司、守备、备御、千总共三十三员被生擒；副将张吉甫、满库、王之敬等战死，前来解围的四万明兵生还无几，仅有吴襄、宋伟等小部队人员脱逃。史称“长山之败”。
经此一役，明军短时间内已无能力再援救祖大寿了。此时大凌河城里的形势已经非常严峻，到九月下旬时城里就已经完全断粮了，祖大寿带领的一万多关宁军没饿死是因为他们这段时间在吃役夫（就是被拉去干活的平民），但是现在一万多役夫病死、饿死，加上被吃掉的，也没剩多少了，再拖下去就真的断“粮”了。
皇太极虽然已无援军可打，但也没有打算攻城，他想招降祖大寿。一是祖大寿家族在辽西势力很大，家族里的成年男子基本都在关宁军中任职，通过他后续可以招降更多；二则是祖大寿官大，若他投降对明军的士气是极大的打击；三则是皇太极开始注重在辽东收买人心。
从八月份围城开始皇太极就不停地写信、派降将劝降祖大寿。为打消祖大寿的顾虑他还主动承认，阿敏屠城是他们后金犯的错误，他已经处置了阿敏（阿敏确实是在己巳之变屠城弃守后被皇太极治罪，但是原因不是屠城而是皇太极觉得阿敏想抢他的位置），还对天发誓保证降者不杀。
事实上皇太极也不是光嘴上说说，围城打援过程中被俘的明朝官兵他都尽量劝降，愿降的都官复原职，予以重用。宁死不降的也绝不羞辱，尽量全其性命。而且对大凌河城中明军宁可饿死吃人也不投降的行为大加褒扬，并教育后金人要向大明学习，读书识礼……
你可以说皇太极是作秀、是表演，但是你不能否认皇太极在领导后金改变。他在尝试改变他老爹那种“非我族类全部杀光”的做法，用更加温和的方式来统治旗下汉民，尝试让汉人更能接纳女真人。
皇太极的操作很有效果，在辽东的汉人过得比辽西、关内、西北的平民同胞要好，辽东的汉人反抗次数远远没有明朝的子民造反多。辽东的汉民归附后金的也越来越多。
到了十月大凌河里的役夫基本吃完了，祖大寿知道扛不下去了，在得到皇太极的保证后，祖大寿的脑子就活络起来了。十月二十七日，祖大寿遣使告知皇太极：“我降志已决！至于大汗对我是杀是留，我降后是逃是叛，都应该向天地起誓。”
然后他还提出：“我准备派出一个人，潜入锦州，侦探我胞弟的消息，但这个人一旦被刑讯审问，供出了我出降的内幕，事情就不好办了。不如我亲率兵马，诈作逃走之状何如？”
皇太极也不傻，知道祖大寿还是想找机会跑回去，但是此次围城打援已大获成功，只要祖大寿献城投降做给明军看，攻心的目的就达到了。祖大寿真降那是锦上添花，就算是借机逃跑，他也不是不能接受，就答应了。
得到了皇太极的答复，祖大寿正式就投降一事与城内各级将官相议，众人求生心切，同意跟随他一起出降。但是副将何可纲坚决不从，只不过他反对的理由却不那么大义凛然。他觉得皇太极是一个胸无大志之人，本来已打进了京畿，却又撤了回来，根本没有一统天下的雄心，跟着他没前途。祖大寿也不想跟他废话，就把何可纲抓起来杀了做了军粮，“城内饥人，争取其肉”。
随后祖大寿派人到后金大营与皇太极盟誓。
皇太极：“凡归降将士，如若我诳诱诛戮，或得其家人之后，强行拆散他的妻儿老小，分其财物、牲畜，天诛地灭，不得好死。如若归降将士，心怀欺瞒，或逃或叛，另有异心，同样天诛地灭，不得好死。”
祖大寿：“祖大寿等，率众筑城，遇满洲国兵，围困三月，军饷已尽，率众出降，倾心归汗。”
十月二十八日夜，祖大寿出城正式投降。城里原有骑步兵及工役商贾共三万多人，或阵亡、或饿死、或被屠宰煮食，现在幸存下来的，只有军士一万一千六百八十二人，马仅有三十二匹。皇太极将他们全部收编入汉军八旗。
当夜祖大寿以自己的妻子在锦州为由，“请归设计，诱降守者”。皇太极知道祖大寿的真实用意，也不点破。只是提了个方案，说派四千后金士兵，穿上明军服装，跟在祖大寿后面，等他骗开城门后就乘夜袭取锦州。祖大寿只是楞了楞，就同意了。
二十九日夜祖大寿在大凌河放炮为号后，即带着少数亲信向锦州飞奔而去，第二日天亮时分，阿巴泰、多尔衮等人相继而回，原因是天太黑，没能跟上祖大寿，飞将军果然不是浪得虚名。
祖大寿这出假降玩的极其无耻，自己是逃出生天了，麾下一万多明军却被他当垃圾给扔了。他的出尔反尔很有可能导致这些明军被屠杀，要知道大部分普通明军士卒是被他命令投降的。只能说祖大寿完美的配合了皇太极的攻心战术。
十一月初九日，皇太极在将大凌河城全面拆除后，席卷战利品，包括大小火炮三千五百门，并鸟枪、火药、铅子无数，班师返回沈阳，大凌河之战至此结束。孙承宗也因此遭到了朝臣的强烈弹劾，他很快就上疏引疾，辞官回高阳养老去了。
至于祖大寿，明廷上下对他的行为都是心知肚明，一是考虑到当时祖大寿也是没有其它办法，二是祖大寿在关宁军中的强大影响力，为保持军心不散，朝廷也不好治罪。崇祯还加封他为左都督三次召他入京觐见（祖大寿不像毛文龙那么愚忠，均借故推辞）。
在大凌河之战的同时，山东也发生了一场动乱，虽然与辽东战事没有直接关联，但是对比之下我们能更清楚，明朝一败再败的原因。
孔有德，铁岭人，矿工出身（与耿仲明、尚可喜被后世戏称为辽东三矿徒或者三顺王），后入东江成为毛文龙的得力干将。袁崇焕杀了毛文龙，东江被一分为四，各部分谁也不服谁互相排挤攻斗，争抢资源。
后来朝廷派了总兵黄龙前来管理，但是朝廷却不派足军饷，手里没钱没粮自然降伏不了这些东江饿兵。为了谋生路，孔有德和耿仲明一起率部投奔了登莱巡抚孙元化。大凌河之战期间，孙元化派孔有德率八千人携带重炮乘船前去支援。
但是火炮专家孙元化并不怎么懂带兵，对后勤估算不足，加上地方官员又不愿意支援他们眼里的这群“贼军”，结果走到吴桥就没饭吃了。士兵没饭吃当然不会坐等饿死，就跑到地方上抢劫。抢完之后孔有德也意识到自己走上一条不归路，于是不再去大凌河，占领登州在山东干起来了打家劫舍、坐地称王的营生。
朝廷从保定、天津调集大军前后花了大半年才迫使孔有德放弃登州，渡海逃往辽东。逃亡途中又被黄龙攻击，走投无路就登岸投降了后金。投降的孔有德给后金带去了二十多门葡萄牙澳门造炮局原装的红夷大炮，和大批火器相关的技术人员，极大的提升了后金的战斗能力。
孔有德这次叛乱的主要原因是欠饷，明朝到后期欠饷达到什么程度，“从辽东战事爆发以来，除开关宁军，各地军饷就逐年拖欠。截至天启七年为止，延绥、宁夏、甘肃、固原四镇积欠饷银达二百四十四万多两，常有几个月甚至一年不发饷的事，到崇祯初年不少地方欠饷达三十六个月。” 士兵活不下去，大量地逃离。
军队都这样，平民呢？公元1601年到1644年（即万历二十九年到崇祯十七年），受小冰期的影响，明朝北方连续出现大规模自然灾害。记载的八年大旱就有两次，而大旱之后就是蝗灾、饥荒、鼠疫。
陕西巡按御史李应期上疏：“连年凶旱、饥荒，灾祸相连，今年更是酷烈异常。臣自凤翔巡历延庆、平凉抵西安，但见五月不雨，以至于秋季，三伏亢旱，禾苗尽枯，赤野青草断烟，百姓流离，络绎载道。途经之处，灾民成群结队，拥道告赈。”
朝廷现在连军队都养不活，哪里有钱去救济和赈灾。没有饭吃的灾民只能铤而走险 “白昼摽掠，弱血强食”。被派去镇压的士兵，很多在饥饿的驱使下也自溃为盗，跟着一起造反。
对于这些贼寇，崇祯也是心情复杂，他说“寇亦我赤子，宜抚之”。然而不给饭吃，凭什么要求他们不闹事，而是易子相食或者静待饿死？
为什么会这样，原因很简单，朝廷太穷了。为什么穷，一是朝廷收入太低，一是军事开销太大。户部尚书毕自严跟崇祯算过一笔账：朝廷每年的赋税送至京师归户部掌握的收入只有三百九十六万四千二百两银子，而支出竟高达五百二十五万二千五百两，亏空就将近一百二十九万两白银。这也是当年熊廷弼、王在晋力主放弃关外，收缩防线的原因所在。
没钱怎么办？只能继续加征三饷，但这对平民来说只是雪上加霜。崇祯四年开始情况变得更加严重，没有饭吃的流民、灾民汇集哗变的饥兵规模是越来越大，一些耳熟能详的名字也走上了历史的舞台。高迎祥、张献忠、罗汝才、李自成……可以说大明已然走到了终局。
