燕军退兵后，拓跋珪率军返回了故地，旋即光复平城。这时候，得知燕国易主，自己最害怕的那个人死了，内心的老大一块石头落地，决计进击中原。
东晋太元二十一年（公元396年）六月，拓跋珪派小弟王建率大军夺取了广宁，杀太守独孤部首领刘亢泥，迁徙其部落于平城。同月，魏军夺取燕国的上谷郡。七月，拓跋珪称帝，改元皇始。
八月，草原上凉风阵阵，秋意渐凉。拓跋珪开始行动了，率步骑四十余万大举进攻燕国。大军南出马邑（今山西朔州），越句注山（亦作陉岭、雁门山，今山西代县北），派遣左将军李栗率五万骑兵为前驱，派将军封真等人从东道出军都关（今居庸关），奔袭燕国的边城幽州（治今北京市）。
九月，南进的魏军在晋阳城外大败后燕名将、并州牧慕容农，攻克晋阳（今太原西南），慕容农裸奔逃归中山。魏军一鼓作气攻克渔阳（今北京市密云西）。拓跋珪夺取了并州，彻底解除了后方的压力，继续率军东进，直指后燕国都中山。
燕国老板慕容宝吃过魏国铁骑的亏，不敢出城野战，忙着修城贮粮坚守中山，准备打持久战，派慕容农出兵安喜（今河北定州东南），作为警戒。国家处于危机之中，应该发愤图强，共度时艰，可是，慕容宝这个没心没肺的纨绔子弟，专职吃喝玩乐，一切军务，皆委于赵王慕容麟。
十月，拓跋珪委派冠军将军于栗磾、宁朔将军公孙兰率步骑二万，秘密的从晋阳开辟韩信旧道，大军直趋井陉关（今河北井陉西北），突然出击夺取了天险，打开了中原的大门。魏军铁骑突出，首先攻取了战略要地常山（今河北正定南），常山以东各郡县长官望风而逃，只有中山、邺城（今河北临漳西南）、信都（今河北冀县）三城为燕军所有。
十一月，在寒冷的冬日，冒着漫天的风雪，拓跋珪命令东平公拓跋仪率五万骑兵攻取邺城；冠军将军王建、左将军李栗攻信都；亲自统帅大军攻中山。
镇守中山城的是后燕名将慕容隆，燕军坚守不出，凭借坚城防守。拓跋珪挥军急攻，燕军拼命阻击，魏军死伤数千人，而中山岿然不动。在严寒之中不能久持，拓跋珪灰心了，不得不退兵，对部下解嘲的说：“朕认定慕容宝不能出战，必当凭城自守，偷延日月。急攻则伤士，久守则费粮，不如先平邺、信都，然后还取中山，这才是好办法。若移军远去，慕容宝一定会解散军队求食民间，如此，则人心离阻，夺取城市就很容易了。”
场面话说过了，面子不至于掉到地上，拓跋珪解除了中山之围，率军向南进发，寻找新的目标。
在这一段时间里，魏军在各个战场的进展都不顺利。奔袭幽州的军队在攻打蓟城时，被打掉了牙齿，不得不退守渔阳。王建等人率军攻取信都，顿兵坚城之下，死伤枕籍，六十余日未下。围攻邺城的魏军反而被慕容德率守军击破，一溜烟的逃了。
魏军接连失利，拓跋珪闹心的很，这时，又有人添乱，手下的小弟没根因为不受拓跋珪待见，心中怨恨，投降了后燕。为表达忠诚，带百余骑夜袭魏营直至中军帐，拓跋珪几乎被杀，狼狈惊走。
拓跋珪痛定思痛，改变战略布署，重新置了兵力。
东晋隆安元年（公元397年）的正月下旬，拓跋珪集中力量攻取信都。魏军的攻击持续了三日，燕军死伤惨重，燕国名将慕容凤支持不住，弃城逃走，信都遂降。
二月寒风刺骨，拓跋珪率军还屯杨城。没根哥哥的儿子丑提为并州监军，闻其叔父降燕，害怕受到牵连，率所部兵马回国作乱，搞得代北草原烽烟滚滚。贺兰部帅附力眷、纥邻部帅匿物尼、纥奚部帅叱奴根等听到流言后，也起兵反魏。魏南安公拓跋顺率军征讨，未能取胜。拓跋珪害怕失去根据地，欲北还，遣其国相涉延向燕国求和，害怕慕容宝不答应，提出以自己的兄弟为人质。
燕国老板慕容宝听说魏国有内乱，因此不答应魏国老板请求和平的要求，调集步卒十二万、骑兵三万七千屯柏肆（今河北藁城北），在滹沱河水北岸筑军营，向魏军挑战。
拓跋珪被燕军缠住了无法脱身，索性放手一搏，率军到柏肆，在滹沱河南岸筑营。趁魏军立足未稳，慕容宝派勇士万余人为先锋夜渡滹沱河，袭击魏营，亲率大军在魏营之北布阵，作为后援。
燕军夜到魏营，凭借风势放起大火猛攻魏营，魏军大乱。此时，拓跋珪正在睡觉，忽听军营大乱，知道出事了，鞋都顾不得穿，赤脚逃走。燕将乞特真率百余人飞马赶到拓跋珪大帐内，只见拓跋珪丢弃的衣靴，不见其人。 拓跋珪逃出军营之后，找到了卫队，立刻命令击鼓召集军队靠拢。
夜幕之下，情况不明，乞特真听到战鼓声，以为自己中了敌人的埋伏，慌忙鸣金收兵。燕军听到锣鼓齐鸣，不知其故，以为遭到魏军伏击，顿时惊惶大乱，在黑暗中人人自危，草木皆兵，自相践踏，互相砍射。
拓跋珪敏锐地抓住战机，立即将全军集合起来，下令步兵在营外点燃火炬，照亮进攻的道路，骑兵向燕军发起进攻。
燕军自相残杀，严重折损了兵力，正在混乱时刻，又遭到魏军骑兵的轮番攻击，死伤惨重，“俘斩万余，”乱作一团，燕将高长被俘。慕容宝眼看到兵败如山倒，只得收拾残兵，渡河北逃。
慕容宝率军渡河退回。次日，拓跋珪整军渡河，与燕军相持。慕容宝见燕军士气被夺，再打下去也赚不到便宜，率军向中山败退。拓跋珪抓住战机，挥军追击，接连打败燕国的殿后军队。慕容宝害怕被魏军追上，命令将士丢弃了武器装备，继而置大军于不顾，仅率二万骑兵逃回中山。时值大风雪，冻死者无数，所弃将士及文武大臣，降魏或被俘者甚众。
拓跋珪稳定了前线局势，抽出作战兵力，派遣安远将军庾岳率一万骑兵回师征讨三部，“皆平之，”北魏国内始安。
三月，慕容宝向魏国求和，请求以常山以西属魏，中山以东归燕，双方罢兵，该干嘛干嘛去，并答应送还拓跋觚。
拓跋珪得到了自己想要的，于是答应了燕国的和平要求。正在双方安排休战事宜的时候，慕容宝却反悔了。拓跋珪勃然大怒，再次派出重兵包围了中山。
燕国统治集团矛盾重重，突出的问题是兄弟争位，谁也不鸟谁。慕容麟拥有重兵为慕容宝所嫉恨——这个家伙没有继承慕容家的聪明基因，嫉妒心却是一点没差。慕容麟轻视慕容宝昏庸无能，认为他不配坐在天下最值钱的椅子上，欲取而代之。魏军围城的当夜，慕容麟劫持了负责皇帝保卫工作的左卫将军慕容精，命令他率领禁军杀掉慕容宝。慕容精宁死不屈，慕容麟大怒，将他剁了，然后出奔西山，寻求丁零族(北方民族，亦作丁令、丁灵、钉灵。又称高车、狄历、铁勒、丁零（丁灵）)的帮助。
辽东是慕容家老巢，兵精粮足，是一块唯一没有战火燃烧的和平土地。慕容宝害怕慕容麟先据龙城（今辽宁朝阳），夺取了老根据地。分派西河公库僻官骥率兵三千帮助大将慕容详守中山，自己带着妻子及兄弟宗族数千骑弃城北走。
因为慕容宝逃得匆忙，中山城中混乱，东门大开。
魏军看到了大开的城门，拓跋珪打算乘夜入城。冠军将军王建志在虏掠，黑灯瞎火的看不好黄金的成色，于是忽悠老板说恐士卒盗府库物，“请俟明旦。”拓跋珪想一想也对，黑灯瞎火的，有个三长两短的犯不上，反正城门大开，说明敌人已经逃走，明天早晨去也是一样。
因为拓跋珪的犹豫，燕国开封公慕容详从容接管了城防，闭门拒守。
第二天一早，拓跋珪发现城门紧闭，命令手下的小弟爬城头，被城头的百姓一顿板砖砸跑，“连日不拔。”
拓跋珪无奈，派人登上巢车，向城中的百姓做思想工作：“慕容宝已经把你们丢了，你们这些百姓空自取死，到底是为什么呀？”
城中军民都说：“我们不懂的什么道理，我们害怕变成参合陂的冤鬼，所以拼命多活几天而已。”
拓跋珪什么都明白了，这是百姓仇恨参合陂的屠杀，于是愤怒的盯着王建，一口痰吐到他的脸上。王建一个响亮的屁都不敢放，粘痰挂在脸上也不敢擦——这就是所谓的唾面自干吧。
王建有些冤，当初，他出了活埋战俘的主意，是非常的阴损，但后果也是显而易见的，以至于气死了慕容垂，对魏国以后的发展无疑是有利的。
城中军民意志坚决，根本不通融。拓跋珪知道参合陂之战让自己的信用归零，无奈之下放弃了继续攻城。派中领军将军长孙肥、左将军李栗将三千骑兵追赶慕容宝，至范阳，不及而还。
挫折教训了拓跋珪，深悔参合陂的大屠杀，命令军队优待俘虏，罢免了一些杀戮过多的将领。在九月时，“初建台省，置百官，封拜公侯、将军、刺史、太守，尚书郎已下悉用文人”。十一月时，下令魏军上下“军之所行，不得伤民桑枣”。
经过长期的战争，人民不事生产，拓跋珪的军粮严重不足，命令东平公拓跋仪去邺城搜集粮食，运到前线。
听说魏军大批粮食运到了，慕容详派出步兵六千人，伺机袭击夺取魏军的屯粮。这是曹孟德玩剩下的，已经不新鲜了，拓跋珪早就防着这一手，埋伏军队将其击败，斩首五千人，生擒七百人。为了挽救参合陂的过失，拓跋珪将俘虏全部释放。
五月，库僻官骥与慕容详发生内讧，被杀。拓跋珪在中山攻慕容详一个多月不下，撤军就食河间（今河北河间南）。城外压力骤减，慕容详在中山城自立为皇帝。七月，慕容麟率军秘密奔袭中山，因为慕容祥凶狠残暴，大失民心，百姓们自发的迎接慕容麟进城。慕容麟进城以后，斩慕容详自立。
八月，拓跋珪移兵常山九门（今河北藁城西北）。因为习惯了严寒，冷不丁到达温暖的黄河流域，北方将士不适应，魏军感染疫病，“人畜多死。”拓跋珪问诸将疫情，诸将回答说：“在者才十四五。”粮草这时也供应不足，“饥疫并臻，将士皆思归。”
拓跋珪知诸将心意，不屑的说：“这就是命，还有什么办法！四海之人，都是国民，只要措施得当，还害怕没有百姓吗！”老板现在把任何生命看的都似泥土一样，群臣从此不不敢再言。
九月，中山城中缺粮，慕容麟率二万骑兵进驻新市（今河北新乐西南）。拓跋珪欲率军攻击慕容麟，太史令晁崇却说该日岁在甲子，不宜出兵。拓跋珪非常不理解，于是问道：“这是什么意思？”
晁崇回答说：“昔纣以甲子亡，兵家忌之。”
拓跋珪反驳说：“纣以甲子亡，周武不以甲子胜乎？”
这是典型的以子之矛攻子之盾，让你怎么也无法自圆其说，果然，晁崇无言以对。
十月，拓跋珪与慕容麟在义台坞会战，魏军大获全胜，斩杀九千余人，慕容麟率数十骑逃奔邺城。
拓跋珪乘势攻入中山，燕国投降魏国的公卿、尚书、将吏、士卒二万人。燕将张骧、李沈、慕容文等先后来降，拓跋珪皆赦而不究。缴获的燕国所传皇帝玺绶、图书、府库、珍宝，簿列数万。
拓跋珪饶了满城军民百姓，甚至放过了大仇人慕容文，但却没有放过慕容祥，“发慕容祥柩，斩其尸。”慕容祥遭此下场，是自己惹的祸，在他自立以后，为了立威，将拓跋觚绑在旗杆上杀了，“以固众心。”
拓跋珪听说了自己的兄弟死于非命，心疼的嚎啕大哭。今天快意恩仇，如何能不尽兴，将仇人挖棺掘尸还不算完，将当初鼓动慕容祥杀害拓跋觚的高霸、程同等人逮着了，“皆夷五族，”用磨刀开刃的大锉一点一点的拉，叫得越欢，拉得越慢，“以大刃锉杀之。”“乃改葬觚，追谥秦愍王。”
拓跋珪攻克中山后，派骑兵三万增援拓跋仪进攻邺城。
东晋隆安二年（公元398年），正月，架不住魏军的进攻，后燕范阳王慕容德从邺城率户四万，南徙滑台（今河南滑县东）。拓跋仪率军进入邺城，随即追慕容德至黄河而归。
邺城的陷落为战役画上句号，北魏讨伐后燕之战结束。
经过一年零五个月的连续作战，北魏充分利用参合陂之战后的有利态势，调集大军，直逼后燕国都，展开战略决战。作战中，紧紧抓住各种有利机会，努力掌握战争主动权，终于彻底击败了强大的后燕。原属后燕的黄河以北的广大地区遂归魏国所有，北魏也成为北方最强大的国家。
东晋隆安二年（公元398年），慕容德在南部的滑台称燕王，建立南燕。慕容麟在慕容德称王过程中出力甚大，极力鼓动叔叔慕容德称帝，慕容德因此改元称王。但慕容德了解慕容麟的案底，一直防着他。没过多久，传出在邺城附近有麒麟出现，慕容麟认为这是天降祥瑞，预示着自己将要继承大统，于是召集自己的小弟，准备武力夺取政权。慕容德早就防着他这手，先下手为强，把他抓起来剁了。
慕容家的内斗在北部继续上演，慕容宝率军突围，退往龙城时，兰汗杀死慕容宝，自称大将军、大单于、昌黎王。同年，慕容宝小老婆生的长子慕容盛杀老丈人兰汗自立，但不久 为大臣段玑所杀。慕容垂少子慕容熙勾搭上嫂子，在情妇的扶持下登上帝位，这时的后燕疆域，仅有辽西一带。东晋义熙三年（公元407年），慕容熙被冯跋兄弟杀死，推举高云（慕容云）为燕王，建立北燕，后燕灭亡。
