朱元璋钟意的继任者是太子朱标，但朱标早年间就病逝了。当时他还有很多皇子，他完全可以继续培养继任者，但他最终将王位交给孙子朱允炆,为什么没有考虑其他皇子，例如朱棣等。
朱棣11岁那年，他就追随许达等人一起在外驰骋沙场，为国立功，最后他被封为燕王。他在20岁之前做了很多重要的大事，并且多次带领部下抵抗敌人的入侵。此外，他曾经靠计谋招降蒙古将军乃儿不花，增强他在北方军队中的地位，并成为守卫帝国边疆的王侯。依照惯例，在朱标死后，朱元璋可以完全将朱棣列为接班人，在剩下的皇子之中，只有朱棣才是最佳的继承人。但是，由于以下原因，朱元璋没有选择朱棣。
在朱标去世的时候，朱棣已经颇有威望。这时候，朱允炆还只是个孩子没有上过战场，更不用说声望了，朱元璋没有选择朱棣是因为朱棣不是马皇后生的。在那个“立嫡以长不以贤，立子以贵不以长”影响的时代，朱元璋首先考虑的是马皇后所生的嫡子们，这时有能力有声望的嫡子如朱标等有的已经早逝，剩下的嫡子都是能力平庸之辈。因此首选朱标的儿子，也不会选择朱棣。另外，朱元璋和马皇后的感情非常好，他不想让其他嫔妃所生的皇子登上皇位，因此他从未想过让朱棣成为继承人。
朱标是长子和皇太子，他不仅有杰出的能力，而且心底也非常善良。不幸的是他年轻时因病去世。在朱标生病期间，孙子朱允炆昼夜照顾父亲，不辞辛苦，这点感动了朱元璋。《明史》记载：“赞曰：惠帝天资仁厚”。朱允炆心性善良，仁慈宽容，朱元璋很喜欢这个孙子。此时的明朝刚经过战乱百废待兴，国家需要休养生息，因此朱允炆做皇帝正好合适。
而朱棣性格残暴好战，适合出征作战，但不适合防御守城。此时的国家需要休养生息而不是战争。如果朱棣登上皇位，他又会发起战争导致战乱不止百姓民不聊生，这将不利于明朝。因此，朱元璋选择了性格善良仁慈的朱允炆。
秦的次子秦王朱樉做了很多不正当的事，朱元璋曾经想废除他的头衔。三子晋王朱棡也是一个残暴好战的人。朱标过世后，朱元璋曾经想过将朱棣立为太子，朝堂之上问朝臣：立燕王朱棣为太子怎样？有人就说：“如果立燕王为太子，那秦王和晋王该怎样？”朱元璋听后哑口无言，因为根据长子的继承制度，在王储去世后，王储的儿子一般会被继承，不会设置其他皇子。即使立了另一位皇子，第一个应该是次子秦王和三子晋王，轮不到燕王朱棣。
朱元璋在位后期大开杀戒，诛杀过很多的功臣，这引起了众臣的恐慌，生怕下一个就是自己。因为太子朱标仁慈宽厚，在朝中很多大臣都拥护朱标。朱棣残暴，这点和朱元璋很像，都是那么好战，所以大臣们也不希望让他继承皇位。
但无论如何，朱允炆还是被朱棣罢免。这是朱元璋没有想到的，不管他怎么想，朱棣率部进南京时，朱元璋所做的一切都是徒劳的。对于朱元璋为什么没把皇位传给燕王，后人只是种种猜测。大概是在经过深思熟虑之后，他把皇位交给了孙子。没想到朱棣在他死后几年时间就拿到了皇位。
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