传统的方法是无监督聚类+群标志物分类;或者根据已有单细胞数据集作为参考
CellAssign工具提出了一种根据已知gene marker set+贝叶斯模型&EM算法的分类方式:
文章中所用的基因标志物:
肿瘤研究中关心的上皮间质转换(EMT),包括CDH2和THY1的上调,以及CDH1的下调
缺氧相关标志物VEGFA,CA9, SLC2A1
详细说明参考原文献:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31501550/
至于怎么找到“manually revised markers”,这个就靠找文献了。持续更新吧。
+++++++++++2020/8/31更新+++++++++++++
Nucleic Acids Research发表了一篇文章,专门讲Cell Marker,还有一个很不错的网址:
http://biocc.hrbmu.edu.cn/CellMarker/