快速上手的话见上一篇，这篇详细介绍一下 MUMmer 4 软件下 nucmer 程序的详细参数。
nucmer 的应用场景为：比较两个 genome assemblies，或者将一个 assembly 或测序 reads 比对到另一个基因组，或者比较可能存在大量重排和重复的两个相关物种的基因组。
常用命令：
nucmer [options] <reference> <query>
其中，<reference> 为包含 multi-FastA 的序列文件，即要与之比对的参考基因组；<query> 为与参考基因组相同格式的文件，即要与参考基因组比对的基因组文件。
输出文件为：
out.delta
即 reference 和 query 之间的比对结果，可以进一步使用 show-* 程序进行处理。
该过程中可选的参数有：
--mum #在 reference 和 query 中都是唯一的锚点匹配；
--mumreference #使用在 reference 中唯一但 query 中不一定唯一的匹配（默认）；
--maxmatch #使用所有的匹配而不管其唯一性；
-c (--mincluster) #用于聚类的匹配最低长度，默认为 65；
-l (--minmatch) #单个匹配的最小长度，默认为 20；
-f / -r (--forwoard / --reverse) #只匹配正链或负链；
-g (--maxgap) #一个 cluster 中两个相邻匹配间的最大 gap；
-t (--threads) #多核心；
-b (--breaklen) #在对联配两端拓展式，在终止后继续延伸的程度，默认 200；
-p (--prefix) #输出文件的前缀；
--[no]delta #是否输出 delta 文件，默认是；
--depend #显示依赖信息后退出；
--[no]extend #是否外延，默认是；
等等，其它的可以通过 -h / --help 来进一步查看。
使用 -mum 或 -mumreference 选项帮助减少 repeat induced alignments 的数量；
降低 --mincluster 和 --minmatch 的值会提高比对的 sensitivity，但会减少获得更少的可靠比对结果；
在多个较大分化基因组之间进行比对时，显著提高 --maxgap 的值是必要的（比如增加至 1000）；
设置 --noextend 可以防止 cluster 外延来加快进程，而 --nodelta 更进一步，甚至不对齐 cluster 中匹配的序列；该参数可以加快进程，但会减少输出中包含的信息量；
在不指定 -r 或 -f 的情况下，nucmer 会将查询序列的 forward 和 reverse strands 与参考序列的 forward 进行匹配，输出坐标总是与参考序列的 forward strand 进行匹配。
如果想要进一步了解该软件的使用，可以进一步阅读我写的其它分享；
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