Linux环境下的软件安装---Miniconda
Miniconda类似于App Store, 90%以上的软件都能搜到,一键安装,方便又快捷。
1.Miniconda的下载
1)百度/谷歌搜索“miniconda 清华”
2)根据服务器是多少位 (输入命令 uname -a
可知),选择合适的最新版本,复制链接
3)打开服务器进入biosoft
目录,用wget
命令加刚刚复制的链接(https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh )下载
2.Miniconda的安装
1)如下
2)必须得激活
source ~/.bashrc来激活conda
命令行输入conda,出现满屏的信息说明成功了
如果报错,说明你可能没有进行上一步的source ~/.bashrc命令。
3)添加镜像
# 使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
3.基础训练
1)conda list
--查看当前服务器上安装的所有软件列表
2)conda search fastqc
--搜索conda软件【这里以数据质控软件fastqc为例】
3)conda install fastqc -y
--安装软件【-y是yes,安装过程中conda问你的问题全部回答yes】
4)conda remove fastqc -y
--卸载软件
4.拓展练习
conda info --envs
-- 查看当前conda有哪些环境
conda create -n rna-seq python=3 -y
-- 建立一个名叫rnaseq的conda环境
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
-- 创建环境与安装软件fastqc、trimmomatic同时
conda activate rna-seq
-- 激活新的conda环境
conda deactivate
-- 退出当前环境
以上为conda的下载,安装,激活,基本使用方法(均来自生信星球)
5.总结
其实之前我有自己摸索过,一些基本的都有安装,但都是断断续续的学习(因为总有理由说服自己没有时间学习狗头),总有一种云里雾里的样子,今天又跟着花花在自己电脑上走了一遍过程,终于知道自己在敲代码并且敲的是什么了,有一种拨开云雾见太阳的感觉。这种连续的带动性学习对我来说真的太可了手动大拇指点赞!希望以后还有这样的学习计划!爱了