本次精读的是一篇老文章,2016年发表在《current biology》上的《Gamete Attachment Requires GEX2 for Successful Fertilization in Arabidopsis》,通讯作者是新加坡国立大学生物科学系的Frederic Berger教授(我猜是图片中间那个)。研究兴趣翻译如下:保守的蛋白质组蛋白不仅仅是DNA的简单支架,还参与基因组活动的调节。 我们探索核心组蛋白的变体如何影响基因组表达,组织和遗传。 我们还研究了组蛋白变体与其他染色质修饰之间的相互作用,从而贡献了表观遗传,从而调节了体细胞和生殖组织中的细胞事件。 应该是做生殖中表观的大佬,不知道为什么做了这篇文章。
科学问题:植物双受精过程是否需要主动配子识别和附着机制(就是想做配子融合)。
背景:对植物双受精过程知之甚少,只有参与融合的HAP2以及精细胞激活的EC1
怎么办,正向遗传学来帮忙!(正向遗传学对于一个未知或是知之甚少的领域是一个很好的办法,但是缺陷是对于冗余性较高的基因是个问题,如果像DMP9倒也还行,要知道拟南芥60%以上的基因都发生过复制事件)
怎么做:双 marker (DM) line, HTR10-RFP (snRFP)精细胞核 DFWA-GFP(ccGFP) 中央细胞 标记
0.3% EMS 处理 8h,5000棵M1种下,筛选育性缺陷的材料,发现一个材料Y47,受精过程中发现未受精的精细胞,并且苯胺蓝染色显示花粉管接收的过程没有问题,注意此时精细胞应该没有分开。并且通过延时摄影技术发现精细胞到中央细胞后长时间不动,两个实验确定下来是融合过程起作用。回交实验确定是雄方的问题。
有表型就好办,就是定位基因吧,定位到271Kb时候,发现一个强精细胞定位的基因GEX2,测序发现是个点突G变成A。Y47命名为gex2-1 ,为了确定表型,作者要来T-DNA插入突变体gex2-2 发现一个表型。此外在做个回补实验,好了,基因确定的表型做完了。
下面就对这个基因的特征就行分析被,先看结构:单次跨膜,有信号肽,有lg-like区域这一点和哺乳动物中izumo类似,这个胞外域超级长。接GFP发现定位在精细胞膜上。
再次仔细观察表型,发现除了没有发育的胚珠,在突变体自交的植物中还发现了中止发育的种子,于是找回去,发现是存在单次受精事件,又做了回补,确定还是GEX2的问题,这里就比较绕,表型和回补一会说不好吗?
那么GEX2到底参与精卵融合过程的那一部分呢?于是他们找到了卵细胞的Marker:emGFP(pDD45::GFP-PIP2a and enRFP,观察,他们先用消化酶处理细胞壁,发现卵细胞和中央细胞变成圆形,说明细胞壁处理好了。相比于HAP2能够粘附在卵细胞和中央细胞上,gex2则有的一个粘附在卵细胞上,一个没有粘附,或者根本没有粘附。结合统计为粘附的比例远远大于已知参与融合过程hap2,还有延迟成像过程中,精细胞一致在粘附和去粘附,认为GEX2参与粘附的过程。
作者最后做了一个演化上的问题:计算Ka/Ks 选择压,用A. thaliana A. lyrata,发现相比于HAP2(这个多保守),GEX2快速演化,且主要是lg-like的区域(猜猜也知道)。
评论:我觉得后期统计粘附还不够精细,既然你发现存在单次受精事件,那到底是谁的单次受精不知道,那么统计粘附是完全可以把单次粘附的数据加上,看看到底什么样子,而且整体来说n值有点小。并且整体来看GEX2调控的去粘附比例也就40%左右,可能存在冗余基因。但是毫无疑问,作者是极为幸运的,5000棵苗就筛到了基因,但是接下来又存在很多问题,还有没有其他基因参与粘附,其在卵细胞上的识别蛋白又是什么?这还有待进一步发现。