乳腺癌病人的原位癌多点采样测序看异质性
于2015年发表在 Nature Medicine杂志，标题是：Subclonal diversification of primary breast cancer revealed by multiregion sequencing 来自于：Cancer Genome Project, Wellcome Trust Sanger Institute, Hinxton, UK.
对50个患者取了303个样进行测序，其中13个是WGS，剩余的290个取样只是特定基因的捕获测序。偏偏是没有WES的数据。
To understand the subclonal structure of primary breast cancer, we applied whole-genome and targeted sequencing to multiple samples from each of 50 patients' tumors (303 samples in total).
这50个癌症患者按照IHC分类是：
- 27 positive for estrogen receptor (ER) expression but negative for HER2 expression (ER+HER2−);
- 3 ER+HER2+;
- 20 negative for expression of ER, progesterone receptor (PgR) and HER2 ('triple negative'; ER−PgR−HER2− 也就是三阴性腺癌。
从时间上是先测12个病人，再测38个，队列详情如下；
目标基因捕获测序
For 290 samples from the 50 cancers studied in both cohorts, we carried out high-coverage sequencing (mean, 166×) (Supplementary Table 2) of 360 known cancer genes, chosen from a review of published literature and including more than 40 genes recurrently mutated in breast cancer (Supplementary Table 3).
这些基因的挑选需要查阅文献，归纳总结。而2016年的METABRIC计划是捕获173个基因，其实值得仔细理解看看他们选择基因的标准。
全基因组测序
For 13 of these cancers we sequenced selected tumor samples (n = 29) and a matched constitutional DNA sample in each case to whole-genome level with an average depth of 40-fold。也是一个病人取多个样本进行WGS测序。
取样方式如下；
实验验证全基因组测序得到的somatic事件：
- 2,217 of 2,235 (99%) substitutions and 18 of 19 (95%) insertion-deletions (indels) 是真的
- 1,567 of 1,778 (88%) structural variants using PCR or breakpoint-associated copy-number changes 也是真的。
数据上传到了：EGAD00001000965 （331个捕获测序）and EGAD00001000898. （42个WGS测序数据。）
其实这篇文章的数据分析部分太复杂，所以虽然文章发的比较早，但是买账的人不多。
作者独创的Coxcomb可视化
对13个病人的42个样本的WGS数据分析表明，肿瘤异质性在不同病人千差万别。
主要分成3类；
首先是不同部位测序结果比较一致的病人：
然后是局部亚克隆增多的病人：
最后是混合模型：
拷贝数变异
是很经典的算法： ASCAT algorithm and used LogR and B-allele frequency values
肿瘤内异质性-TDS
看figures的时候注意一下缩略词。
- IDCA, invasive ductal carcinoma;
- LOH, loss of heterozygosity;
- TN, triple negative;
- UPD, uniparental disomy;
- VAF, variant-allele frequency.
值得一提的是一作 Lucy R. Yates 在2017发了综述说明这件事。
点突变和拷贝数变异的肿瘤内部异质性
不同癌症患者的肿瘤部位多样性差异很大
这些异质性是独立于一下临床指标，比如：
- histology
- ER expression status
- grade
- intratumoral lymphocyte infiltration
- tumor Ki-67 score
如下图所示
新辅助化疗
其中18个病人有化疗前后的ngs数据，其中：
- 6个病人是化疗前后都有一样的亚克隆
- 5个病人化疗后增加了克隆
- 3个病人化疗前后亚克隆不一样
新辅助化疗是指在实施局部治疗方法（如手术或放疗）前所做的全身化疗，目的是使肿块缩小、及早杀灭看不见的转移细胞，以利于后续的手术、放疗等治疗。
结论是化疗对突变影响比较小。
转移的问题
其中2个病人测了转移部位，作者试图在一篇文章里面说明的事情太多太多，感觉想完全理解真的好难。
（文章转自jimmy的2018年阅读文献笔记）
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