伊和斐的家庭历史错综复杂，但是他们在生活之中有着强烈的性吸引。见面一周结婚，三个月生育，生育这件事到时帮忙扫除了不育症对国民来说是耻辱和担忧的问题。两人身体健康，精力充沛，伊莎贝拉的文化修养可能要比斐迪南更高一点，喜欢与学者和有浪漫情怀的人相处，而斐则是个实干家。
伊莎贝拉和菲迪南开始婚姻生活史，遵从了中世界晚期常见的具有象征意义的习俗。e.g.王室夫妻要用一种符号或者图画来代表他们的结合，以便将他们的婚姻昭告天下，据说是因为当时很多的人都是文盲。伊莎贝拉选择的符号是Flecha，F代表斐，斐迪南的符号是Yugo，Y代表Ysabel，这是伊莎贝拉的名字在当时的卡斯蒂利亚常见的一种拼写方式，箭和轭的符号被以艺术形式互相交织起来来代表婚姻。这种图像最终出现在西班牙全境的政府建筑和教堂。除了外在，感觉两个人在心理感情上也有共同点，都是在继位兄长的阴影下成长，童年时遭遇动荡，经历了这些之后都决定一扫颓唐干一番事业出来。
没有任何非议，通过这场婚事，伊莎贝拉为自己确立了正儿八经的王室地位。斐迪南是西西里国王，伊莎贝拉是他的王后。但是与恩里克的关系就算是彻底决裂，在之后的几次通信未果后。此时，恩里克身边的人煽动兄妹间的嫌隙越来越严重，其实也可以理解的，由于女性的地位，在那个时代，年轻女子为自己的婚姻当家做主而不请求族长批准是不可想象的。最终两人反目，恩里克切断了伊的经济来源，其他人也放弃了伊投靠了她哥哥。
在和前边诸多麻烦缠身时一样，此时伊莎贝拉的孩子要降生了。因为此时夫妻俩还未能从教皇那个获得正式的文书许可，意味着他们的婚姻可以说是乱伦，所以孩子的正当性也成了问题。匆忙中与1470年10月2日降生了一个女儿，又一个伊莎贝拉......要知道，女孩儿在阿拉贡是不能继承王位的......
