Day3的主要学习任务:
今日重点:A、下载miniconda到服务器上 B、学会通过conda下载/卸载软件
·下载并安装miniconda(相当于App Store)
(1)Baidu/Google搜索“miniconda 清华”(即清华的conda镜像网站)
a.先查看服务器是多少位的(uname -a
),以此下载64-bit/32-bit
b.注意安装最新版本的(latest)
c.右键复制下载链接(下面到服务器里使用)
(2)进入下载的目录(cd biosoft
)
(3)下载链接用到的命令(wget
)
a.在~/biosoft 目录下输入(wget+下载链接
)
(4)安装miniconda
a.一般都会安装失败,接着输入下面的命令(bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
)
b.根据提示输入Enter/yes
c.出现“Thank you for installing Miniconda3!”即表示安装成功
(5)最后一步“激活”
a.conda的激活命令(source ~/.bashrc
)
b.随后输入命令(conda
),若出现满屏的信息则提示激活成功
c.(我遇到的问题)如果报错出现conda :command not found
,则提示原因就是你在安装过程中略过了某一步yes,导致你的conda没有被放在环境变量,所以再怎么source依然还是找不到。解决方法是,重新把conda放进环境变量
d.解决上述问题,输入两行命令①(echo export PATH=/home/$USER/miniconda3/bin:$PATH>>~/.bashrc
)②(source ~/.bashrc
)
--整理摘自公众号“生信星球”,以及豆豆的老师的回答
·conda的使用:下载/卸载软件
几个常用命令:
①查看当前服务器上安装的所有软件列表(conda list
)
②安装软件,以fastqc为例(conda install fastqc -y
/conda install fastqc
)两者的区别在于加了“-y”→安装过程中全部回答yes,而后者需手动输入yes
③确认软件是否安装完成(fastqc --help
),若出现大片文字(帮助文档)即提示安装完成
④卸载软件,同以fastqc为例(conda remove fastqc -y
/conda remove fastqc
)
·在安装软件时,遇到的一些问题
报错→(直接上图)
---然后根据提供的网址,再次搜索关键词fastqc,按照下面步骤即可解决
--上面是我自己的解决方法,如果发现不大行,我们可以讨论讨论哈哈
今日笔记就到这了,晚安~