做了多个组学的数据，该怎么分析呢？

本文章题目：单细胞RNA测序辅助多组学分析发现肝内胆管癌分子亚群

数据：（1）110个（分析）+ 41个（验证集）患者的ICC组织蛋白组学数据（TMT标记定量）；

（2）78个样本的全外显子测序数据；

（3）3个慢性炎症亚类型中的肿瘤组织单细胞测序。

（备注：蛋白组和单细胞都没有癌旁组织，所以无法做癌与癌旁的差异分析）

结果分析

1.蛋白质组学分析发现人类ICC的三种分子亚型

来自110名患者的ICC组织进行蛋白质组学分析，缺失值小于10%的样品中检测到6311种蛋白质（图A，概括鉴定蛋白数量）。

基于6311种蛋白质的蛋白质组矩阵，ICC队列被分为三个不同的簇（C1、C2和C3）（图B，因为没有癌旁，只能对肿瘤组织进行分群分析）。三种分子亚型之间的所有比较中，共鉴定出85种蛋白质差异表达（图C，亚型内部做差异分析）32种蛋白质在亚型1中上调，24种蛋白质在子型2中上调，29种蛋白质在分型3中上调

三组蛋白质进行了GO分析，基于GO分析的结果，我们将三种分子亚型注释为“慢性炎症”（亚型1）、“代谢”（亚类型2）和“染色质重塑”（亚类3；图B和C，定义亚型的功能）。基因集变异分析（GSVA）和ssGSEA分数也说明了这种定义（图E和F）。

三亚型ICC患者的生存率显著不同（图H，做生存曲线，说明不同亚型恶性程度不同，应区别对待）

（思考：蛋白无癌旁分析：分亚群->亚群差异分析->定义功能->生存分析）

2.基因组分析ICC亚型

ARID1A、KRAS、PBRM1、BRCA2、CREBBP、TP53、KMT2D、ATM和ATRX是ICC肿瘤组织中最常见的突变基因（图B，找出高频突变）。

RTK-RAS是ICC中变化最显著的途径，Kaplan–Meier曲线和单变量Cox回归表明OS与KRAS突变或RTK-RAS途径改变之间的相关性不显著（对高频突变及通路进行生存分析）

随机森林的机器学习方法来识别每个分子亚型中的关键基因突变，在慢性炎症和代谢亚型中都发现了KMT2D突变，所有已鉴定的突变中，只有KMT2D的突变与ICC患者更好的预后显著相关（图F，鉴定亚型关键突变）。代谢亚型中也发现了显著高比例的KMT2D突变（图G），KMT2Dmut组织具有更高的代谢ssGSEA评分和更低的炎症ssGSEA得分（图H和I，必须要找到一个突变进行讨论）。

（思考：此处做了全外显子测序，鉴定高频突变，探讨每个亚型的独有突变，希望找出蛋白与突变的分型一致性，发现结果不尽人意，讨论了一个KMT2D突变）。

3.人ICC三种分子亚型的免疫景观（免疫细胞分布）

使用ssGSEA方法评估21个免疫细胞的组成比例（图A：免疫浸润分析），在慢性炎症亚型中发现大量巨噬细胞（图B，C,D），在KMT2DWT组的患者中发现的巨噬细胞比在KMT2Dmut组中发现的多（图E）。

（思考：试图从免疫浸润角度寻找3个亚型的不同）

4.慢性炎症亚类型中的肿瘤组织进行了scRNA-seq（单细胞测序，讨论该亚型）

在ICC肿瘤微环境中共鉴定出10种细胞类型，包括恶性细胞、成纤维细胞、内皮细胞和各种免疫细胞（TME；A），巨噬细胞进一步分裂为两个簇：1型和2型（图B，分亚型）。

使用GSVA方法计算两种TAMs亚型的炎症反应评分。2型TAM显示出比1型TAM显著更高的炎症反应评分（C和D）。

然后在TAM的两个亚组之间进行差异表达基因（DEG）分析。APOE、LIPA、CTSD、C1QB和其他几个基因在2型TAMs中显著上调（E）。

使用2型TAMs中上调的基因进行GO分析，我们发现炎症反应的正调控和免疫系统的负调控富集，表明2型巨噬细胞可能参与调节ICC的炎症反应（F）。

APOE/CD68和C1QB/CD68的共表达验证了APOE和C1QB在2型TAMs中的共表达（图G–I）。在慢性炎症亚型中发现的APOE+TAMs数量高于其他两种亚型（J和K）。

具有野生型KMT2D的组织比具有KMT2D突变的组织表现出更多数量的APOE+TAM（L和M）

（思考：找了3个样品做单细胞测序，看细胞的具体比例，基因表达等，说明前面免疫浸润分析的有效性，单细胞测序能直接看出细胞亚群，内部基因表达，富集通路）

5.细胞和动物模型验证APOE+C1QB+TAMs的重要性。

此章节为机制实验，此处不做讨论。

全文思考： 

（1）作者一定是想收集一批标本做多组学，因为只有石蜡标本，发现常规转录组实验做不了，蛋白实验面前可以做，全外显子实验可以做。

（2）因为没有癌旁，所以讨论亚群分布，不同亚群的特征，不去讨论肿瘤的发生发展问题。

（3）测了3个样品的单细胞转录组，验证了前面蛋白组的发现，后期做了实验验证。

文献来源：

Xuanwen Bao, .Molecular Subgroups of Intrahepatic Cholangiocarcinoma Discovered by Single-Cell RNA Sequencing–Assisted Multiomics Analysis. Cancer Immunol Res 1 July 2022; 10 (7): 811–828. https://doi.org/10.1158/2326-6066.CIR-21-1101

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