LAYN Is a Prognostic Biomarker and Correlated With Immune Infiltrates in Gastric and Colon Cancer...

1.词汇:
Infiltrates n. 浸润物(infiltrate的复数)v. 浸润(infiltrate的第三人称单数)
Malignancy n. 恶性(肿瘤等);恶意
Metastasis n. 转移;新陈代谢;[地质] 同质蜕变
Gastrointestinal adj. 胃肠的
malignant melanoma n.恶性黑色素瘤
Urgent adj. 紧急的;急迫的
Elucidation n. 说明;阐明
Hyaluronan n. 透明质酸
Motility n. 运动性;能动性;自动力
Deconvolution n. [地质] 反褶积,[计] 去卷积
Adjacent adj. 邻近的,毗连的
Homologous adj. 相应的;[生物] 同源的;类似的;一致的

2.语句:
However, the underlying functions and mechanisms of LAYN in tumor progression and tumor immunology is still unclear.

The findings in this report shed light on the important role of LAYN in colorectal and gastric cancers as well as provide a potential relationship and an underlying mechanism between LAYN and tumor-immune interactions.

GEPIA (29) is an interactive web that includes 9,736 tumors and 8,587 normal samples from TCGA and the GTEx projects, which analyse the RNA sequencing expression.

Here the N category refers to lymph node involvement; N0 indicates no regional lymph node metastasis, and N1–N3 indicate regional lymph node metastasis

Tumor-infiltrating lymphocytes are an independent predictor of sentinel lymph node status and survival in cancers

INTRODUCTION:
胃肠癌是全世界男女共患的最常见的恶性肿瘤,并且其转移常导致不良预后。免疫相关机制在胃肠癌中至关重要,免疫疗法被认为是治疗GI有前景的方法。免疫疗法,比如CTLA4,PD-1,PD-L1抑制物,在恶性黑色素瘤和非小细胞肺癌中,展现出可靠的抗肿瘤效果。但是,目前的免疫疗法存在缺陷,anti-CILA4在转移性的结直肠癌和胃癌临床治疗效果并不理想,同样anti-PD-1和anti-PD-L1在进展性的胃癌和结直肠癌中治疗效果大打折扣。另外,一些研究表明,肿瘤浸润淋巴细胞(tumor-infiltrating lymphocytes),比如tumor-associated macrophages (TAMs)和tumor-infiltrating neutrophils (TINs),它们能够影响预后和免疫疗法以及化疗的效果。因此,急需阐明肿瘤免疫互作的免疫表型,确定结直肠癌和胃癌的新的免疫靶标分子!
Layilin(LAYN)在1998年首次被报道,它是一种位于11号染色体的编码基因,作为一种55-kDa的跨膜蛋白,在多种细胞和器官中表达。LAYN是一种透明质酸的表面受体,参与细胞间黏附、运动和转移调控;LAYN调控肾小管上皮细胞的TNF-α-EMT,在炎性肠病中参与HA35诱导的小肠上皮间紧密连接。LYAN首次被证明在肺腺癌细胞系A549中与侵袭和淋巴结转移有关。
LAYN表达是CRC和NSCLC患者样本的调性T淋巴细胞(Treg)浸润的特异性特征。此外,在CRC和NSCLC患者中,LAYN的高表达与不良预后相关(18)。先前的研究(19)进一步发现LAYN是参与肝癌肿瘤浸润淋巴细胞的关键基因。T细胞单细胞RNA测序证实,体外活化的CD8+ T和Treg细胞中LAYN上调,抑制CD8+ T细胞功能。
However, the underlying functions and mechanisms of LAYN in tumor progression and tumor immunology is still unclear.

MATERIALS AND METHODS:
Oncomine数据库(https://www.oncomine.org/resource/login.html)
Kaplan-Meier Plotter(http://kmplot.com/analysis/
PrognoScan 数据库(http://www.abren.net/PrognoScan/)
TIMER数据库(https://cistrome.shinyapps.io/timer/)
GEPIA数据库(http://gepia.cancer-pku.cn/index.html)

RESULTS:
1.用Oncomine数据分析了不同癌症中LAYN的表达水平,高表达的有breast, colorectal, gastric,kidney, pancreatic cancers, and lymphoma tumors;低表达的有bladder, breast, colorectal, head and neck,lung, ovarian and prostate cancers。另外,分析了TCGA来自多个恶性肿瘤的RNA-seq数据,低表达有BLCA (bladder urothelial carcinoma), BRCA (breast invasive carcinoma), COAD (colon adenocarcinoma), KICH (kidney chromophobe), LUAD (lung adenocarcinoma), PRAD (prostate adenocarcinoma), READ (rectum adenocarcinoma), STAD (stomach adenocarcinoma), THCA (thyroid carcinoma), UCEC (uterine corpus endometrial carcinoma);高表达有CHOL (cholangiocarcinoma), HNSC (head and neck cancer), KIRC (kidney renal clear cell carcinoma), LIHC (liver hepatocellular carcinoma)。


figure1.png

2.作者首先用PrognoScan数据库分析了不同癌症中LAYN表达与预后的相关性,发现LAYN与结直肠癌、乳腺癌、眼癌、卵巢癌预后相关,其中在结直肠癌中,高表达LAYN与预后不良相关。然后,作者用Kaplan-Meier plotter数据库也作了预后分析,发现LAYN与卵巢癌和胃癌预后相关;除此之外,作者还用GEPIA数据库分析了来自TCGA的33种癌症的数据,发现COAD, OV,HNSC, MESO ,GBM ,KIRP ,THCA,SKCM 预后与LAYN表达相关。


figure2.png

3.用Kaplan-Meier plotter数据库分析了胃癌样本不同临床特征亚组下LAYN与预后的关系,发现LAYN表达主要影响有淋巴结转移的胃癌患者预后。


table1.png

4.作者用TIMER数据库分析了不同癌症中LYAN表达与免疫浸润之间的关系,由于TIMER和GEPIA数据都是来自于TCGA,所以作者挑选了在TIMER中与肿瘤纯度负相关的同时在GEPIA中与预后显著相关的,最后选出了结肠癌和胃癌。


figure3.png

5.作者用分析了LAYN和免疫标志基因集的相关性,同样发现LAYN在结肠癌和胃癌的免疫逃脱中起到至关重要的作用。


figure5.png

综上所述,LAYN表达升高与多种癌症特别是结肠癌和胃癌的CD8+ T细胞、CD4+ T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞和DCs的不良预后及免疫浸润水平升高相关。此外,在胃癌和结肠癌中,LAYN表达可能参与调控肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)、DCs、T细胞衰竭和Tregs。作为胃癌和结肠癌患者预后的生物标志物。因此,LAYN可能在免疫细胞中发挥重要作用

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