来到阴间的Miguel，看到的是和人间类似的世界，只是这里的人都是一个个骷髅。Miguel在这里遇到了他去世的家人，Julia和Imelda，以及其他几位祖辈。
阴间的人，要在祭祀这一天通过一座桥，才能去到人间与家人相聚。而只有人间有照片挂在墙上、被人间的人记住的人才能通过那座桥。
由于Miguel离家出走时拿着Imelda的照片，所以Imelda无法跟其他人一起去看人间的家人，她需要尽快把Miguel送回人家，将她的照片挂到墙上。与此同时，Miguel也得知自己是因为音乐和吉他被诅咒了，必须赶在天亮前回到人间，不然就会转化成骷髅，再也回不去了。而他要回到人间的话，必须得到阴间亲人的祝福。
Imelda为他祝福，但在祝福的同时又加上了那个“不许玩音乐”的诅咒。所以，当Miguel回到人间，忍不住继续碰了De la Cruz的吉他，同时第二次去到了阴间。这一次，Miguel希望能够带着属于自己的音乐梦想，一起回到人间。所以，他逃离了阴间的家人，想去找曾祖父De la Cruz给自己祝福。
这一路，他遇到了想方设法过桥去看自己女儿的Hector。Miguel想通过Hector找到De la Cruz，而Hector希望Miguel能把自己的照片带回人间，自己可以过桥去看女儿。
在寻找De la Cruz的一路上，他们一起经过了阴间的遗忘之地。亲眼看见被人遗忘的骷髅化为灰烬，消失不见。同时，还一起参加了一场盛大的音乐表演赛，Miguel发现Hector具有非常高超的音乐才华。
但是，由于Miguel告诉Hector，自己只能通过De la Cruz才能回到人间，所以，在Imelda及其他家人出现的时候，Hector和Miguel出现了分歧。Miguel在Hector找寻自己照片的时候，自己一个人想办法见到了De la Cruz。
Miguel和De la Cruz相认了，De la Cruz带着Miguel享受到了明星的荣誉。
但是，当Hector再次出现的时候，Miguel才发现De la Cruz不是他一直认为的那种英雄。De la Cruz和Hector曾经是一对音乐搭档，在Hector决定回归家庭的时候，De la Cruz下毒杀害了Hector，并偷取了他的歌和吉他。De la Cruz成了万人瞩目的音乐天才，而Hector悄无声息地死了，就连自己的家人都一直在责怪他的抛妻弃子。
De la Cruz为了自己的利益，不顾Miguel的安危，让Miguel彻底看清了他的嘴脸。同时，Miguel发现，Hector才是他真正的曾祖父。
Miguel其他的家人也都赶来了，救了Miguel和Hector。Hector和妻子Imelda也相认了，解除了误会。
但是，时间快来不及了，天快亮了，Miguel已经快要转化成骷髅了，而且，Hector的照片被De la Cruz抢走了，如果Miguel不能一起将照片带回人间，他就会很快变得烟消云散。
于是，一家人决定齐心协力，一起去抢回Hector的照片，然后送Miguel回家。Imelda为了自己的深爱的丈夫，与De la Cruz进行了一场激烈的斗争。其间，De la Cruz差点儿将Miguel杀害，Miguel被他的狗Dante和Imelda的猫救了，但是Hector的照片丢掉了。
整个斗争过程正好被De la Cruz演唱会的大屏幕进行了现场直播，De la Cruz的罪行公之于众。
时间越来越紧急，Miguel就快完成骷髅的转化，Hector也已经非常虚弱。一家人最终决定，尽快送Miguel回家。这次，Imelda取消了禁止玩音乐的诅咒。Miguel顺利地回到了人间。
回到人间的Miguel只有一个念头，那就是赶紧将Imelda的照片挂到墙上，而且尽力让Coco记起Hector，给Hector争取生存的时间。
意外惊喜地是，在Miguel给意识模糊的Coco唱起Hector的《记住我》时，Coco恢复了意识，并记起自己的父亲Hector，还从抽屉里找出了照片中剪掉的父亲的头。
最后一家人在音乐的欢乐声中，欢聚在一起，度过了温馨美好的祭祀日。
噢，对了，忘了一个重要的主角——鞋子。整个制鞋家族都有能够制出完美鞋子的双手，但同时也有继承Hector的音乐细胞。
曾经因为Hector的出走未归，整个家族只能爱鞋子，不能爱音乐。终于，在Miguel的阴间一日游之后，音乐又回归到家族，并给家人们带来无尽的欢乐！
OK，这就是整个关于音乐、鞋子和家人的故事。
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