HiCPlotter

ref:https://github.com/kcakdemir/HiCPlotter

py2.7

python /media/shen/*/sun/biosoft/HiCPlotter-master/HiCPlotter.py -h

python HiCPlotter.py -fh 0 -tri 1 -f xxx.matrix -n xxx -chr chr18 -o chr18 -r 100000 -bed xxx.bed -dpi 300 -ptr 1 -hmc 3 -ext png

-cn 如果matrix包含NaN值,将其转为0.  默认1是有的需要转.

-fh 如果matrix含有header将跳过。默认1跳过。改为0

-ff matrix有尾巴行,默认0没有

-tri 是否是hicpro,默认0不是。改为1

-bed 提供bed文件

%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%

-wg 是否画整个基因组,默认是0,改为1激活

-f 输入的matrix文件

-n 文件的名字/画图用/可提供多个

-chr 需要画的指定的chr

-o 输出的文件的前缀

-r 分辨率 bp:默认100kb,需要修改

-ext 输出类型:默认jpeg

-dpi 输出图片分辨率,默认200

-hmc 颜色设置:Greys(0), Reds(1),YellowToBlue(2), YellowToRed(3-default), Hot(4), BlueToRed(5)

-ptr 是否画三角形热图,默认0,改为1激活

-trh调整三角形高度:默认是(end-start)/5


最后编辑于
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 203,937评论 6 478
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 85,503评论 2 381
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 150,712评论 0 337
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 54,668评论 1 276
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 63,677评论 5 366
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 48,601评论 1 281
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 37,975评论 3 396
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 36,637评论 0 258
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 40,881评论 1 298
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 35,621评论 2 321
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 37,710评论 1 329
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 33,387评论 4 319
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 38,971评论 3 307
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 29,947评论 0 19
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 31,189评论 1 260
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 44,805评论 2 349
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 42,449评论 2 342

推荐阅读更多精彩内容

  • 历史并不是一笔确切的、意义丰满的遗产,并不是一笔“不断增长的、不断固化的财富”;相反,它是由断层、裂缝及异质层构成...
    俗世迷途小書僮阅读 147评论 0 0
  • ——中国人好面子,其实,全世界同胞也如此,既然人人都有这方面需求,那面子这东西,到底能给我们带来什么呢? 1. 虚...
    把大象装进冰箱阅读 343评论 0 0
  • 昨夜做了一个好长好长的梦,破败不堪的街道,寒风凛冽的天气,地面上全部都是融化了的浑浊污秽的积雪。我一步一个小心的走...
    LU鹿阿姨阅读 749评论 0 0
  • 什么是BP网络 BP神经网络,BP即Back Propagation的缩写,也就是反向传播的意思,顾名思义,将什么...
    yalesaleng阅读 2,072评论 0 0