Notebook 镜像打包过程[基于三系显卡]

拉取 nvidia/cuda基础镜像,硬件是三系显卡,cuda要求11以上(否则cuda可能会调不起来),此处拉取11.4:

docker pull nvidia/cuda:11.4.1-cudnn8-devel-ubuntu18.04  # 拉取镜像 

用此镜像起容器:

 docker run --runtime=nvidia --name=jupyterlab_v1_2 -dt -v /home/zjlab/test-volume:/home/tmp nvidia/cuda:11.4.1-cudnn8-devel-ubuntu18.04

查看容器jupyterlab对应的容器ID:

docker ps | grep jupyterlab

进入容器:

docker exec -it [容器ID] bash

在容器中主要进行两项工作:

第一、安装 Jupyterlab;

第二、安装 conda 环境并在其中安装 pytorch。

安装 Jupyterlab

如果pip找不到,则采用pip3

apt-get update   # 更新软件列表
apt-get install -y python3-dev    # 安装 python
apt-get install -y python3-pip    # 安装 pip
python3 -m pip install jupyter    # 安装 jupyter
python3 -m pip install ipywidgets   # 安装 ipywidgets
jupyter nbextension enable --py widgetsnbextension   # 打开 notebook 扩展
python3 -m pip install jupyterlab   # 安装 jupyterlab
jupyter serverextension enable --py jupyterlab  # 打开 jupyterlab 服务扩展

jupyterlab 安装完成后,需要修改默认工作目录,即 Jupyterlab 界面对应于容器中的哪个目录,此处设置的是 /tf 。修改方法如下(可能需要先安装vim,才能对文件进行修改):

mkdir /tf     # 生成 tf 目录
jupyter notebook --generate-config  # 生成配置文件

根据提示路径打开jupyter_notebook_config.py文件,找到#c.NotebookApp.notebook_dir =;去掉#,修改为c.NotebookApp.notebook_dir = ‘你的工作目录’。

安装 Conda 环境并在其中安装pytorch

下载 Miniconda 安装脚本,然后执行

sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh   # 安装Miniconda,需根据具体版本更改脚本名称

conda 安装完成后,要退出容器再重新进入,conda 才会生效,重新进入容器后即可创建新的虚拟环境:

conda create -n pytorch-1.9.0-py38 python=3.8 # 创建虚拟环境
conda activate pytorch-1.9.0-py38   #  进入虚拟环境
python3 -m pip install  [pytorch|tensorflow|...]  # 安装 框架和第三方包
conda install ipykernel  # 安装 ipykernel 
python -m ipykernel install --name pytorch-1.9.0-py38   # 在 jupyterlab 中创建新的kernel

自动生成 README.md

用户进入 jupyterlab 界面后左侧会自动生成 README.md 文件,这种效果需要通过在容器中 /etc/profile 文件添加如下内容实现:

touch /tf/README.md
echo "如需使用本算法进行训练任务,需在要执行的python文件中接收如下参数:
data_url: 数据集路径
train_out: 训练输出
train_log: 日志输出
训练时这些参数名会以命令行传参的形式传入可执行的python文件中,而参数值会由系统指定。例如:
python run.py --key1=value1 .... --data_url=/data/ --train_out=/out/ --trian_log=/log/
所以如果可执行的python文件不接收这些参数值,可能会导致训练任务失败。" > /tf/README.md  

打包镜像

以上步骤执行完之后即可对镜像进行打包:

docker commit cad9d2ce666e notebook_jupyterlab_nvidia:test_v2

打包完成后需要用 Dockerfile 对该镜像进行一些处理用以完成 README.md 自动生成以及 jupyterlab 自动启动。新建一个文件,取名为 Dockerfile,在 Dockerfile 中添加如下内容:

FROM notebook_jupyterlab_nvidia:test_v2

# Expose Jupyter port & cmd
CMD /bin/bash -c "source /etc/profile && jupyter lab --ip=0.0.0.0 --port=8888 --no-browser  --allow-root"

在 Dockerfile 所在的目录执行:

docker build -t jupyterlab:pytorch-1.9.0-py38 .
# *jupyterlab:pytorch-1.9.0-py38* 名称可根据实际情况进行修改

镜像打包完成。

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