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数据下载
sra下载
aspera下载
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选择需要下载的列
点击TSV
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下载TSV,到自己电脑,
然后用Xftp传输到服务器,放在sra目录下,方便管理
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less -S filereport_read_run_PRJNA229998_tsv.txt
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文件参数
#下载代码
ascp -k 1 -QT -l 300m -P33001 -i ./miniconda3/envs/rna/etc/asperaweb_id_dsa.openssh
era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/srr/SRR103/000/SRR1039510 .
#-k 1 表示断点续传;-QT是传输策略 -P3301是端口 era前是自己的密钥
#最后的.表示在当前目录
outputdir=~/project/Human_16-Asthma-Trans/data/rawdata/sra #设置目录
cat sra.url |while read id
do
echo "ascp -k 1 -QT -l 300m -P33001 -i ~/biosoft/miniconda3/envs/rna/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@${id} ${outputdir}"
done >sra.download.sh
#提交后台下载
nohup bash sra.download.sh >sra.download.log &
数据的完整性检验
数据完整性检验(非常重要!!!)
得到md5值
cat md5.txt