Microbiome微生物组：研究微生物 、基因组及与宿主互作的全部。
Microbiota微生物群：与微生物组同义，仅指16S扩增子研究细菌组。
Metagenome宏基因组：狭义仅指宏基因组测序分析基因组和功能基因，广义泛指研究微生物组的学科。
人宿主约25000基因，人肠道菌约2-3million基因，species通常大于160种[1]
流程：样本--数据--质控--分析
扩增子（Marker gene）：提DNA--扩增测序--质控--多样性分析
宏基因组：提DNA--打断测序--质控、组装、注释--多样性分析
宏转录组：提RNA--cDNA建库--质控、组装、注释--基因表达功能
数据质量：
测序错误：引入了引物、PCR或测序引入的碱基错误
嵌合体：扩增产物中占1%~20%，De novo去除和基于参考数据库SILVA去除
资源：
16S相关数据库：RDP II [2]、rrnDB [3]、silva [4]、GreenGenes [5]
基因组：GenBank [6]、PATRIC [7]、GOLD [8]、Ensemble Genomes [9]
微生物组：EBI Metagenomics [10]、MG-RAST [11]、HMP DACC [12]
功能： KEGG、CARD、UniProtKB、Gene Ontology
参考文献
- https://mp.weixin.qq.com/s/bl2Bu_NNYZMiAXAkM0Vl1Q?
- https://academic.oup.com/nar/article/31/1/442/2401245
- https://rrndb.umms.med.umich.edu/
- https://academic.oup.com/nar/article/35/21/7188/2376260
- https://www.nature.com/articles/ismej2013200
- https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/
- https://www.patricbrc.org/
- https://gold.jgi.doe.gov/
- http://ensemblgenomes.org/
- www.ebi.ac.uk/metagenomics/
- www.mg-rast.org
- www.hmpdacc.org
