下载miniconda--“linux中可以下载生信软件的应用商店”
1.输入“ uname -a”查看服务器是多少位的
2.百度搜索“miniconda 清华”,进入网站,找到最新版本复制下载链接
3.输入“cd ~/biosoft”进入昨天建好的biosoft目录,输入“wget 链接”将软件下载到这个链接里面
(「for Windows」选中,鼠标左键点一下是复制,右键点一下是粘贴;「for Mac」直接cmd + c 复制,cmd + v粘贴)
安装miniconda
1.输入“bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh”进行安装(让enter就enter,让yes就yes)
2.输入“source ~/.bashrc”来激活conda
3.输入“conda”出现满屏信息说明安装完成
这个过程,由于我没有理解命令的意思而没能操作成功,以为~和/.bashrc选一个输进去就可以了,其实是全部要输完整;另外输完以后再敲conda才能看见满屏的信息。
4.添加镜像:把下面的代码全部复制到命令行
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
一开始忘记这部操作了,以至于后面不能顺利进行
使用conda
1.输入“conda list”,查看当前服务器上安装的所有软件列表
2.输入“conda search fastqc”搜索软件(这里以数据质控fastqc为例)
3.输入“conda install fastqc -y”,安装软件
4.输入“conda remove fastqc -y”,卸载软件
查看conda环境
1.输入“conda info --envs”查看当前conda有那些环境
2.新建:输入“conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y”(建立一个名叫rnaseq的conda环境,然后指定python版本是3)
3.输入“conda info --envs”再次查看一下conda环境
4.输入“conda deactivate ”退出当前环境