2022-05-06 “平头”“平底”火山图解决

异常的火山图上下的点挤成了一条线

观察数据发现,原来正常出图的数据中,padj最小时0.00452(占<0.01%),最大是0.9982(占<0.1%)。这次的数据中,padj最小是0.00029(占=17%),最大是1(占=72.5%)。
由于q<0.05有意义,所以删除了q=1的数据,出来的图如下:

“平底”消失了,“平头”还在。由于q值小代表越显著,所以没有删除数据,让师姐问问公司给的数据是不是有问题了。

公司认为数据没有问题,用DESeq2处理过后的数据,试再做图,用TCGAbiolinks包如下

用ggplot2作图即使y轴拉到200,还是有部分平顶,100到200这里是断层的。

用截断坐标轴到125的方法,以为能截掉不要的部分,但发现并非如此
p3<-p2+labs(y="-log10FDR")+scale_y_continuous(limits = c(0, 120))+scale_x_continuous(limits = c(-15,15))

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