根据生物安全防护水平的差异，生物安全柜可分为一级、二级和三级三种类型。一级生物安全柜可保护工作人员和环境而不保护样品。其气流原理和实验室通风橱基本相同，不同之处在于排气口安装有HEPA 过滤器，将外排气流过滤进而防止微生物气溶胶扩散造成污染。一级生物安全柜本身无风机，依赖外接通风管中的风机带动气流。
二级生物安全柜是目前应用最为广泛的柜型。按照《中华人民共和国医药行业标准YY0569-2011生物安全柜》中的规定，二级生物安全柜依照入口气流风速、排气方式和循环方式可分为4 个级别：A1 型，A2型，B1 型和B2 型。所有的二级生物安全柜都可提供工作人员、环境和产品的保护。
A1 型安全柜前窗气流速度最小量或测量平均值应至少为0.38m/s。70%气体通过HEPA 过滤器再循环至工作区，30%的气体通过排气口过滤排出。
A2 型安全柜前窗气流速度最小量或测量平均值应至少为0.5m/s。70%气体通过HEPA 过滤器再循环至工作区，30%的气体通过排气口过滤排出。
二级B型生物安全柜均为连接排气系统的安全柜。连接安全柜排气导管的风机连接紧急供应电源，目的在断电下仍可保持安全柜负压，以免危险气体泄漏出实验室。其前窗气流速度最小量或测量平均值应至少为0.5m/s(100fpm)。
B1 型70%气体通过排气口HEPA 过滤器排除，30%的气体通过供气口HEPA 过滤器再循环至工作区。
B2 型为100%全排型安全柜，无内部循环气流，可同时提供生物性和化学性的安全控制，可以操作挥发性化学品和挥发性核放射物作为添加剂的微生物实验。
三级生物安全柜是为生物安全防护等级为4级实验室而设计的，柜体完全气密，工作人员通过连接在柜体的手套进行操作，俗称手套箱(Golve box)，试验品通过双门的传递箱进出安全柜以确保不受污染，适用于高风险的生物试验，如进行SARS、埃博拉病毒相关实验等。
过滤器是生物安全柜、超净工作台、通风柜等洁净设备通风装置的重要组成部分。ULPA超高效过滤器和HEPA高效过滤器这两种空气过滤器是专为去除气流中绝大多数的极其小的颗粒污染物而设计的。这两种过滤器可能在功能上是相似的，但二者的性能却有着很大差异
两者最主要的区别在于截留效率不同，HEPA对0.3μm的微粒、烟雾和微生物等尘埃粒子的过滤效率达到99.97%以上；ULPA对0.1-0.2μm的微粒、烟雾和微生物等尘埃粒子的过滤效率达到99.999%以上，对0.3μm颗粒更是达到了99.9999%以上。
