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预测miRNA结合位点的工具很多，以TargetScan为代表的工具，利用结合位点的保守性进行预测，对于大部分保守的结合位点而言其准确性较好，然而还是有部分miRNA结合位点是非常规的，在物种间并不保守，对于这部分位点的预测，就需要在算法上进行改进。
miRanda软件通过以下两个因素来判断miRNA结合位点
miRNA和mRNA间的序列互补匹配程度
-
形成的复合结构的自由能
示意图如下
直接根据序列匹配的打分值和对应的自由能来评估结合位点的可能性，由于不依赖结合位点的保守性，能够更加广泛的评估miRNA结合位点。
mirSVR是一套打分机制，通过一个回归模型对miRanda预测出来的结合位点进行打分，分值越低该结合位点越可靠。
开发者通过miRanda和mirSVR, 预测了人，小鼠等5个常见物种的miRNA集合位点信息，并将结果整理成了数据库，网址如下
http://www.microrna.org/microrna/home.do
该数据库中包含的物种和miRNA数量汇总如下
支持根据miRNA或者mRNA对数据库进行检索，检索结果示意如下
可以看到，软件预测的结果是非常多的，一个miRNA有几千个候选的靶基因。点击view targets可以看到对应的靶基因列表和mirSVR值。
该数据库是免费下载的，同时还提供了miRanda软件的下载，但是对于mirSVR打分系统的源代码，目前还没有提供。
miRanda软件的基本用法如下
miranda miRNA.fa genome.fa \
-sc 150 \
-en -7 \
-out target.txt第一个参数为miRNA的序列，第二个参数为基因组序列，比如转录本对应的3’UTR序列，-sc指定序列比对打分的阈值，小于该阈值的结合位点会被过滤掉，-en指定自由能的阈值，结果必须小于该阈值才可以，更多用法请参考官方文档。
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