“ 在Linux系统里，有着两个神奇的概念，学了这两个概念，你才是真正的开始领会Linux的精妙之处，体会到Linux的精髓部分。”
老规矩，第一步还是先给出上节课的习题答案
# 在家里建立test文件夹
cd ~
mkdir test
# 在test文件夹建立文本文件 t1 t2 t3 并且复制/etc/fstab过来
cd test
touch t1 t2 t3
cp /etc/fstab .
# 压缩t1 t2 t3为bz2
bzip2 t1 t2 t3
# 压缩fstab为gz并且保留原始文件
gzip -c fstab > f.gz
# 打包test目录为一个.tar.gz
tar cvfz test.tar.gz test
# 删除原始目录
rm -rf test
# 解压test文件夹
tar xvfz test.tar.gz
# 解压fstab
gunzip f.gz
# 解压包含t1t2t3的bz2文件
bunzip2 t*
过去的课程里，我们已经基本上掌握了Linux的黑框框里的基本操作了，可以像windows一样查看目录和文件，创建修改目录和文件甚至更加优雅的查看文件内容；我们还学会了复制，移动和删除文件(目录)；后面还学习到了更复杂的下载命令和解压命令。
但是我们这些好像在Windows下都可以做到，在Linux下难道就没有什么比较强大的和Windows不同的命令操作吗？那当然了，今天就来讲讲Linux最最神奇的两个概念，管道和重定向。
改变标准输入 - <
由于大家都非常缺乏计算机系统的理论知识，所以管道这里就不讲解其具体实现的思想，我们把重点放在管道的概念以及其使用。相信这也是大多数看这套教程的人的目的，毕竟大家不是linux开发者，大部分都是用来处理数据而已。
说起管道，首先得谈一谈过去隐约提到的这两个东西，标准输入和标准输出。我们linux系统的很多程序，都是有着一个共同的原则，从标准输入中读取，然后经过处理后，进行标准输出。
什么意思呢，给一个最经典的命令，cat，大家尝试这样 在终端中直接输入cat,我们会发现shell好像死了一样，什么也不做，但是你输入了随便一句话，然后回车，cat就会重复你这句话，然后直到你ctrl+D终止了它，就又退回到了命令行。
$ cat
I like apple
I like apple
I want to get a ball
I want to get a ball
Hello
Hello
cat ?
cat ?
# ctrl + D
通过这个例子，我们能了解到，标准输入一般来说就是你的键盘输入，标准输出就是你的控制台给你输出的内容。
我们再来看一个例子，在linux中，我们常常使用wc -l来统计一个文件的行数。那么，我们现在来做类似上面的操作
$ wc -l
2
5
666
I like pea
???
answer me,wc?
# 我们发现wc -l没有任何反应 是wc程序出问题了吗？
# ctrl + D
6
# 获得标准输出
我们终止了标准输入以后，wc -l开始给我们统计行数，然后统计结束，标准输出。
通过上面的案例，相信大家已经非常了解什么叫标准输入和标准输出了吧！下面开始正式的讲解我们的新概念，输入重定向。
重定向，我对于这个词的理解是重新指定方向，这里的方向不是我们说的东西南北，是指给linux指定一个输出或者输出的方向来源。
这样，输入重定向的概念就来了，给定linux命令一个输入来源来取代标准输入，对输入来源进行处理，然后输出到标准输出，输入重定向的符号是我们的小于号 < ,下面给出一个案例。
假设我这里有抽取了不知道多少行的人类基因组的注释文件
# 上述文件名为 test
# 下面把test文件重定向给cat
cat < test
我们看到的输出结果和cat test好像没有什么区别，那是因为cat本来就是读取标准输入然后输出，这个把标准输入变成了test文件而已，下面看一个wc的案例，大家就能看到问题所在了。
# wc -l test
# wc -l < test
看到不同点了吗？再想想上面的只进行了wc -l期待标准输入的操作，再看看这里的第二个使用了标准输入重定向的操作，相信你一定已经理解了什么叫标准输入重定向。
改变标准输出 - >
如果上文的标准输入重定向你已经透彻的理解了，那么标准输出重定向你应该马上就知道它的概念了。
输出重定向的概念也来了，给定linux命令一个输出文件名，它就会自动的把标准输出重定向到你指定的文件里，这就是输出重定向。输出重定向的符号是>号。
我们平时对输入重定向的使用并不是很多，因为大部分操作都是通过管道进行的，不需要你去调整输入。但是对于输出重定向的使用非常多，比如你获得了一个样本文件，想拿出前十行看看，然后你就得保存，你总不能head -n 10以后自己复制然后粘贴到vim里吧。还有很多程序的运行结果，我们都需要把中间的输出放进一个log文件中，方便我们后续进行查看。
话不多说，大家用到的时候自然就会想到进行重定向了，下面给个案例
# 从基因组注释文件抽出每条染色体的长度
grep sequence-reg gencode.v38.annotation.gff3
# 但是我们想把结果保存在文件 chr.len中
grep sequence-reg gencode.v38.annotation.gff3 > chr.len
cat chr.len
一目了然，这就是输出重定向的操作方法和使用。大家是不是已经懂了呢？
管道 - |
其实我们的重定向操作不仅仅只有 < 和 >，但是由于篇幅有限，后面的高级教程中会再次讲解余下的重定向操作，不过目前的这两个已经够你一大部分操作使用了。
下面在文章的最后，我们来讲解一下管道操作。这个管道简直形象的不能再形象了，大家可以想象有一根长长管子，从一端放进了原材料(标准输入或者输入)，然后被处理，然后沿着管子继续流，又遇到了一个工作区进行处理，然后又在管子里流，。。。，直到流到了管子的另一端，流了出来(标准输出)，或者流进了一个容器里(输出重定向)。这就是管道，我这么通俗的解释，大家应该已经懂了90%，下面给大家整个案例。
# 还是刚刚的文件处理操作
# 我们现在变成从原始注释文件中
# 抽取染色体长度行
# 提取长度和染色体名字
# 保存到文件chr1.len中
grep sequence-reg gencode.v38.annotation.gff3 | cut -d ' ' -f 2,4 > chr1.len
cat chr1.len
这就是管道，是不是非常的丝滑，非常的流畅，我再给大家做个简单案例。
# 注释文件中的前一百行出现了多少次gene、
head -n 100 gencode.v38.annotation.gff3 | grep '\sgene\s' | wc -l
超级有用的思想，大家后面自己进行linux操作和数据处理的时候，一定要想到使用管道啊！真的是必备技能，必须懂，这两个概念是linux的应用中，非常非常非常重要的东西，还需要在使用中多多的体会才能更好的理解。
此外，其实很多流程工具或者流程语言也是这种思想，nextflow 和 snakemake以及其他的较为小众的流程语言都是这个思想。所以大家还是，一定要懂得这两个概念，并且要有自己的理解。
今天的分享就到这里了，下一次的分享将为大家详细讲解关于通配符在日常操作中的使用，以及使用ln建立软连接的操作*。
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