高通量测序数据处理学习记录（六）：什么是测序深度和测序覆盖度？

前言

Sequencing depth and coverage: key considerations in genomic analyses.

现在接触销售人员进行二代测序，挂在嘴边的就是我们公司可以测多少X，即使是做了一段时间的分析的我有时候还是会疑惑，sequencing depth和covergae的区别是什么，正确的计算方法是什么，不同的二代测序技术不同的动物模型需要测多少X才合适。下面我就简单的记录一下自己的学习记录。

结论

现在大家喜欢直接看结果，那我就直接抛出一个计算网站：
calculator
输入读段长度，测序类型和基因组大小，就可以根据读段数计算深度

正文

Sequencing depth and coverage: key considerations in genomic analyses
这篇文章就是对这个问题的一个详细讨论，下面我给大家翻译翻译。

简单翻译

key point

首先看截图，我们可以知道，测序深度的计算公式为LN/G，L就是读段长度，N是读段数目，G是基因组大小。

举例来说，人类基因组3.1G，一个RNA-seq的reads数据为20M，数据为paired-end，读长150bp，那么测序深度就是20M2150/3.1G= 2 X

那我们再来讨论一下sequencing depth 和 sequencing coverage的区别：
事实上没有区别，若是真要讲个说法，那就是coverage可以理解为检测到全基因组的多少区域（百分比，最大值为100%），但是sequencing covergae指的就是depth of sequencing coverage也就是sequencing depth，反映了一个区域被平均多少个reads检测到。
另外breadth of coverage需要区别一下，就是将全基因组大小换成target region作为分母计算上面那个公司，

以下为高通量测序数据处理系列快速通道：

高通量测序数据处理学习记录（零）：NGS分析如何选择合适的参考基因组和注释文件

高通量测序数据处理学习记录（一）：比对软件STAR的使用