Day3-Joker_ztt

Linux系统的app store：conda
生信常用：miniconda
入门操作：

1.下载miniconda ：
(1)通过Mac terminal 进入linux服务器输入 uname -a 查看服务器的版本，然后再在清华的conda镜像网站查看此镜像能安装到linux的版本 （有32位和64位）

(2)复制此镜像链接(Windows：选中，鼠标左键点一下是复制，右键点一下是粘贴；Mac：直接cmd + c 复制，cmd + v粘贴)。

(3)进入 biosoft 目录后，输入 wget 指令加上述链接 （目的：下载此镜像到biosoft目录中）

bio13@VM-0-10-ubuntu:~$ cd biosoft
bio13@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

2.安装miniconda
(1)输入 bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 指令安装此镜像。（安装期间根据terminal上的提示按 Enter键 和输入 yes）


bio13@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

Welcome to Miniconda3 4.8.2

In order to continue the installation process, please review the license
agreement.
Please, press ENTER to continue
>>>

Please answer 'yes' or 'no':'
>>> yes

Miniconda3 will now be installed into this location:
/home/bio13/miniconda3

  - Press ENTER to confirm the location
  - Press CTRL-C to abort the installation
  - Or specify a different location below

(2)安装好了以后，会有以下提示

==> For changes to take effect, close and re-open your current shell. <==

If you'd prefer that conda's base environment not be activated on startup, 
   set the auto_activate_base parameter to false: 

conda config --set auto_activate_base false

Thank you for installing Miniconda3!

(3)此时，若返回bio3总目录查看的话，会发现有两个子目录：biosoft(里面是Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 这个镜像文件)， miniconda3(里面是已经安装好的conda软件)

(base) bio13@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ cd
(base) bio13@VM-0-10-ubuntu:~$ ls
biosoft  miniconda3
(base) bio13@VM-0-10-ubuntu:~$ cd biosoft
(base) bio13@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ ls
Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

3.激活conda：输入 source ~/.bashrc 指令来激活

使用软件前当然要先激活软件

(base) bio13@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ source ~/.bashrc

4.进入conda查看相关信息：输入 conda 指令

(base) bio13@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda
usage: conda [-h] [-V] command ...

conda is a tool for managing and deploying applications, environments and packages.

Options:

positional arguments:
  command
    clean        Remove unused packages and caches.
    config       Modify configuration values in .condarc. This is modeled
                 after the git config command. Writes to the user .condarc
                 file (/home/bio13/.condarc) by default.
    create       Create a new conda environment from a list of specified
                 packages.
    help         Displays a list of available conda commands and their help
                 strings.
    info         Display information about current conda install.
    init         Initialize conda for shell interaction. [Experimental]
    install      Installs a list of packages into a specified conda
                 environment.
    list         List linked packages in a conda environment.
    package      Low-level conda package utility. (EXPERIMENTAL)
    remove       Remove a list of packages from a specified conda environment.
    uninstall    Alias for conda remove.
    run          Run an executable in a conda environment. [Experimental]
    search       Search for packages and display associated information. The
                 input is a MatchSpec, a query language for conda packages.
                 See examples below.
    update       Updates conda packages to the latest compatible version.
    upgrade      Alias for conda update.

optional arguments:
  -h, --help     Show this help message and exit.
  -V, --version  Show the conda version number and exit.

conda commands available from other packages:
  env

5.添加conda的镜像：输入4行清华大学的通道代码

相当于开迅雷会员，加速下载的作用；若不添加，速度会较慢，因为conda的服务器在境外

(base) bio13@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
(base) bio13@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
(base) bio13@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
(base) bio13@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda config --set show_channel_urls yes

6.速度加快后，可初步查看conda中的软件：输入 conda list 指令查看

(base) bio13@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda list
# packages in environment at /home/bio13/miniconda3:
#
# Name                    Version                   Build  Channel
_libgcc_mutex             0.1                        main    defaults
asn1crypto                1.3.0                    py37_0    defaults
ca-certificates           2020.1.1                      0    defaults
certifi                   2019.11.28               py37_0    defaults
cffi                      1.14.0           py37h2e261b9_0    defaults
chardet                   3.0.4                 py37_1003    defaults
conda                     4.8.2                    py37_0    defaults
conda-package-handling    1.6.0            py37h7b6447c_0    defaults
cryptography              2.8              py37h1ba5d50_0    defaults
idna                      2.8                      py37_0    defaults
ld_impl_linux-64          2.33.1               h53a641e_7    defaults
libedit                   3.1.20181209         hc058e9b_0    defaults
libffi                    3.2.1                hd88cf55_4    defaults
libgcc-ng                 9.1.0                hdf63c60_0    defaults
libstdcxx-ng              9.1.0                hdf63c60_0    defaults
ncurses                   6.2                  he6710b0_0    defaults
openssl                   1.1.1d               h7b6447c_4    defaults
pip                       20.0.2                   py37_1    defaults
pycosat                   0.6.3            py37h7b6447c_0    defaults
pycparser                 2.19                     py37_0    defaults
pyopenssl                 19.1.0                   py37_0    defaults
pysocks                   1.7.1                    py37_0    defaults
python                    3.7.6                h0371630_2    defaults
readline                  7.0                  h7b6447c_5    defaults
requests                  2.22.0                   py37_1    defaults
ruamel_yaml               0.15.87          py37h7b6447c_0    defaults
setuptools                45.2.0                   py37_0    defaults
six                       1.14.0                   py37_0    defaults
sqlite                    3.31.1               h7b6447c_0    defaults
tk                        8.6.8                hbc83047_0    defaults
tqdm                      4.42.1                     py_0    defaults
urllib3                   1.25.8                   py37_0    defaults
wheel                     0.34.2                   py37_0    defaults
xz                        5.2.4                h14c3975_4    defaults
yaml                      0.1.7                had09818_2    defaults
zlib                      1.2.11               h7b6447c_3    defaults

7.搜索自己要用的软件：以数据质控软件fastqc为例（输入 conda search fastqc 指令）

(base) bio13@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda search fastqc
Loading channels: done
# Name                       Version           Build  Channel             
fastqc                        0.10.1               0  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.10.1               1  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.2               1  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.2      pl5.22.0_0  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.3               0  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.3               1  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.4               0  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.4               1  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.4               2  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.5               1  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.5               4  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.5      pl5.22.0_2  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.5      pl5.22.0_3  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.6               2  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.6      pl5.22.0_0  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.6      pl5.22.0_1  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.7               4  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.7               5  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.7               6  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.7      pl5.22.0_0  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.7      pl5.22.0_2  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.8               0  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.8               1  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.8               2  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.9               0  anaconda/cloud/bioconda

8.安装此软件：输入上述指令后，会有很多不同的版本——>默认安装最新版本，但是有的软件新版本bug比较多，可能需要用到老版本；如果要指定版本号，可以输入 conda install fastqc=0.11.7 -y 指令 （注：安装指令 conda install fastqc -y 【加上-y是自动安装】）

(base) bio13@VM-0-10-ubuntu:~$ conda install fastqc -y
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done


==> WARNING: A newer version of conda exists. <==
  current version: 4.8.2
  latest version: 4.8.3

Please update conda by running

    $ conda update -n base -c defaults conda



## Package Plan ##

  environment location: /home/bio13/miniconda3

  added / updated specs:
    - fastqc


The following packages will be downloaded:

    package                    |            build
    ---------------------------|-----------------
    ca-certificates-2019.11.28 |       hecc5488_0         145 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    certifi-2019.11.28         |   py37hc8dfbb8_1         149 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    conda-4.8.3                |   py37hc8dfbb8_1         3.0 MB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    fastqc-0.11.9              |                0         9.7 MB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
    font-ttf-dejavu-sans-mono-2.37|                0         386 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
    fontconfig-2.12.1          |                3         429 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
    freetype-2.5.5             |                2         2.5 MB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
    libiconv-1.14              |                0         2.0 MB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
    libpng-1.6.30              |                1         220 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
    libxml2-2.9.4              |                0         3.7 MB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
    openjdk-11.0.1             |    h516909a_1016       175.5 MB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    openssl-1.1.1f             |       h516909a_0         2.1 MB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    perl-5.26.2                |    h516909a_1006        15.4 MB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    python_abi-3.7             |          1_cp37m           4 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    ------------------------------------------------------------
                                           Total:       215.3 MB

The following NEW packages will be INSTALLED:

  fastqc             anaconda/cloud/bioconda/noarch::fastqc-0.11.9-0
  font-ttf-dejavu-s~ anaconda/pkgs/free/noarch::font-ttf-dejavu-sans-mono-2.37-0
  fontconfig         anaconda/pkgs/free/linux-64::fontconfig-2.12.1-3
  freetype           anaconda/pkgs/free/linux-64::freetype-2.5.5-2
  libiconv           anaconda/pkgs/free/linux-64::libiconv-1.14-0
  libpng             anaconda/pkgs/free/linux-64::libpng-1.6.30-1
  libxml2            anaconda/pkgs/free/linux-64::libxml2-2.9.4-0
  openjdk            anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::openjdk-11.0.1-h516909a_1016
  perl               anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::perl-5.26.2-h516909a_1006
  python_abi         anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::python_abi-3.7-1_cp37m

The following packages will be UPDATED:

  certifi              pkgs/main::certifi-2019.11.28-py37_0 --> anaconda/cloud/conda-forge::certifi-2019.11.28-py37hc8dfbb8_1
  conda                       pkgs/main::conda-4.8.2-py37_0 --> anaconda/cloud/conda-forge::conda-4.8.3-py37hc8dfbb8_1
  openssl              pkgs/main::openssl-1.1.1d-h7b6447c_4 --> anaconda/cloud/conda-forge::openssl-1.1.1f-h516909a_0

The following packages will be SUPERSEDED by a higher-priority channel:

  ca-certificates     pkgs/main::ca-certificates-2020.1.1-0 --> anaconda/cloud/conda-forge::ca-certificates-2019.11.28-hecc5488_0



Downloading and Extracting Packages
perl-5.26.2          | 15.4 MB   | ########################################################################################################################################## | 100% 
ca-certificates-2019 | 145 KB    | ########################################################################################################################################## | 100% 
openssl-1.1.1f       | 2.1 MB    | ########################################################################################################################################## | 100% 
openjdk-11.0.1       | 175.5 MB  | ########################################################################################################################################## | 100% 
conda-4.8.3          | 3.0 MB    | ########################################################################################################################################## | 100% 
certifi-2019.11.28   | 149 KB    | ########################################################################################################################################## | 100% 
fastqc-0.11.9        | 9.7 MB    | ########################################################################################################################################## | 100% 
libiconv-1.14        | 2.0 MB    | ########################################################################################################################################## | 100% 
fontconfig-2.12.1    | 429 KB    | ########################################################################################################################################## | 100% 
font-ttf-dejavu-sans | 386 KB    | ########################################################################################################################################## | 100% 
python_abi-3.7       | 4 KB      | ########################################################################################################################################## | 100% 
libxml2-2.9.4        | 3.7 MB    | ########################################################################################################################################## | 100% 
freetype-2.5.5       | 2.5 MB    | ########################################################################################################################################## | 100% 
libpng-1.6.30        | 220 KB    | ########################################################################################################################################## | 100% 
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done

9.卸载此软件：输入 conda remove fastqc -y 指令

(base) bio13@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda remove fastqc -y
Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: done

## Package Plan ##

  environment location: /home/bio13/miniconda3

  removed specs:
    - fastqc


The following packages will be downloaded:

    package                    |            build
    ---------------------------|-----------------
    _libgcc_mutex-0.1          |      conda_forge           3 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    _openmp_mutex-4.5          |            0_gnu         435 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    cffi-1.14.0                |   py37hd463f26_0         221 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    chardet-3.0.4              |py37hc8dfbb8_1006         169 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    conda-package-handling-1.6.0|   py37h8f50634_2         945 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    cryptography-2.8           |   py37hb09aad4_2         617 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    idna-2.9                   |             py_1          52 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    ld_impl_linux-64-2.34      |       h53a641e_0         616 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    libffi-3.2.1               |    he1b5a44_1007          47 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    libgcc-ng-9.2.0            |       h24d8f2e_2         8.2 MB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    libgomp-9.2.0              |       h24d8f2e_2         816 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    libstdcxx-ng-9.2.0         |       hdf63c60_2         4.5 MB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    ncurses-6.1                |    hf484d3e_1002         1.3 MB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    pip-20.0.2                 |             py_2         1.0 MB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    pycosat-0.6.3              |py37h8f50634_1004         107 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    pycparser-2.20             |             py_0          89 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    pyopenssl-19.1.0           |             py_1          47 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    pysocks-1.7.1              |   py37hc8dfbb8_1          27 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    readline-7.0               |    hf8c457e_1001         391 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    requests-2.23.0            |     pyh8c360ce_2          47 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    ruamel_yaml-0.15.80        |py37h8f50634_1001         267 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    setuptools-46.1.3          |   py37hc8dfbb8_0         634 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    six-1.14.0                 |             py_1          13 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    tk-8.6.10                  |       hed695b0_0         3.2 MB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    tqdm-4.44.1                |     pyh9f0ad1d_0          48 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    urllib3-1.25.7             |   py37hc8dfbb8_1         160 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    wheel-0.34.2               |             py_1          24 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    xz-5.2.4                   |    h516909a_1002         375 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    yaml-0.2.2                 |       h516909a_1          82 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    zlib-1.2.11                |    h516909a_1006         105 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    ------------------------------------------------------------
                                           Total:        24.4 MB

The following NEW packages will be INSTALLED:

  _openmp_mutex      anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::_openmp_mutex-4.5-0_gnu
  libgomp            anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::libgomp-9.2.0-h24d8f2e_2

The following packages will be REMOVED:

  alsa-lib-1.1.5-h516909a_1002
  asn1crypto-1.3.0-py37_0
  fastqc-0.11.9-0
  font-ttf-dejavu-sans-mono-2.37-hab24e00_0
  fontconfig-2.13.1-h86ecdb6_1001
  freetype-2.10.1-he06d7ca_0
  giflib-5.2.1-h516909a_2
  icu-64.2-he1b5a44_1
  jpeg-9c-h14c3975_1001
  lcms2-2.9-hbd6801e_1
  libiconv-1.15-h516909a_1006
  libpng-1.6.37-hed695b0_1
  libtiff-4.1.0-hc7e4089_6
  libuuid-2.32.1-h14c3975_1000
  libwebp-base-1.1.0-h516909a_3
  libxcb-1.13-h14c3975_1002
  libxml2-2.9.10-hee79883_0
  lz4-c-1.8.3-he1b5a44_1001
  openjdk-11.0.1-h600c080_1018
  perl-5.26.2-h516909a_1006
  pthread-stubs-0.4-h14c3975_1001
  xorg-fixesproto-5.0-h14c3975_1002
  xorg-inputproto-2.3.2-h14c3975_1002
  xorg-kbproto-1.0.7-h14c3975_1002
  xorg-libx11-1.6.9-h516909a_0
  xorg-libxau-1.0.9-h14c3975_0
  xorg-libxdmcp-1.1.3-h516909a_0
  xorg-libxext-1.3.4-h516909a_0
  xorg-libxfixes-5.0.3-h516909a_1004
  xorg-libxi-1.7.10-h516909a_0
  xorg-libxrender-0.9.10-h516909a_1002
  xorg-libxtst-1.2.3-h516909a_1002
  xorg-recordproto-1.14.2-h516909a_1002
  xorg-renderproto-0.11.1-h14c3975_1002
  xorg-xextproto-7.3.0-h14c3975_1002
  xorg-xproto-7.0.31-h14c3975_1007
  zstd-1.4.4-h3b9ef0a_2

The following packages will be UPDATED:

  chardet                pkgs/main::chardet-3.0.4-py37_1003 --> anaconda/cloud/conda-forge::chardet-3.0.4-py37hc8dfbb8_1006
  conda-package-han~ pkgs/main::conda-package-handling-1.6~ --> anaconda/cloud/conda-forge::conda-package-handling-1.6.0-py37h8f50634_2
  cryptography       pkgs/main::cryptography-2.8-py37h1ba5~ --> anaconda/cloud/conda-forge::cryptography-2.8-py37hb09aad4_2
  idna                  pkgs/main/linux-64::idna-2.8-py37_0 --> anaconda/cloud/conda-forge/noarch::idna-2.9-py_1
  ld_impl_linux-64   pkgs/main::ld_impl_linux-64-2.33.1-h5~ --> anaconda/cloud/conda-forge::ld_impl_linux-64-2.34-h53a641e_0
  libffi                 pkgs/main::libffi-3.2.1-hd88cf55_4 --> anaconda/cloud/conda-forge::libffi-3.2.1-he1b5a44_1007
  libgcc-ng           pkgs/main::libgcc-ng-9.1.0-hdf63c60_0 --> anaconda/cloud/conda-forge::libgcc-ng-9.2.0-h24d8f2e_2
  libstdcxx-ng       pkgs/main::libstdcxx-ng-9.1.0-hdf63c6~ --> anaconda/cloud/conda-forge::libstdcxx-ng-9.2.0-hdf63c60_2
  pip                 pkgs/main/linux-64::pip-20.0.2-py37_1 --> anaconda/cloud/conda-forge/noarch::pip-20.0.2-py_2
  pycosat            pkgs/main::pycosat-0.6.3-py37h7b6447c~ --> anaconda/cloud/conda-forge::pycosat-0.6.3-py37h8f50634_1004
  pycparser          pkgs/main/linux-64::pycparser-2.19-py~ --> anaconda/cloud/conda-forge/noarch::pycparser-2.20-py_0
  pyopenssl          pkgs/main/linux-64::pyopenssl-19.1.0-~ --> anaconda/cloud/conda-forge/noarch::pyopenssl-19.1.0-py_1
  pysocks                   pkgs/main::pysocks-1.7.1-py37_0 --> anaconda/cloud/conda-forge::pysocks-1.7.1-py37hc8dfbb8_1
  readline               pkgs/main::readline-7.0-h7b6447c_5 --> anaconda/cloud/conda-forge::readline-7.0-hf8c457e_1001
  requests           pkgs/main/linux-64::requests-2.22.0-p~ --> anaconda/cloud/conda-forge/noarch::requests-2.23.0-pyh8c360ce_2
  setuptools            pkgs/main::setuptools-45.2.0-py37_0 --> anaconda/cloud/conda-forge::setuptools-46.1.3-py37hc8dfbb8_0
  six                 pkgs/main/linux-64::six-1.14.0-py37_0 --> anaconda/cloud/conda-forge/noarch::six-1.14.0-py_1
  tk                         pkgs/main::tk-8.6.8-hbc83047_0 --> anaconda/cloud/conda-forge::tk-8.6.10-hed695b0_0
  tqdm                          pkgs/main::tqdm-4.42.1-py_0 --> anaconda/cloud/conda-forge::tqdm-4.44.1-pyh9f0ad1d_0
  wheel              pkgs/main/linux-64::wheel-0.34.2-py37~ --> anaconda/cloud/conda-forge/noarch::wheel-0.34.2-py_1
  xz                         pkgs/main::xz-5.2.4-h14c3975_4 --> anaconda/cloud/conda-forge::xz-5.2.4-h516909a_1002
  yaml                     pkgs/main::yaml-0.1.7-had09818_2 --> anaconda/cloud/conda-forge::yaml-0.2.2-h516909a_1
  zlib                    pkgs/main::zlib-1.2.11-h7b6447c_3 --> anaconda/cloud/conda-forge::zlib-1.2.11-h516909a_1006

The following packages will be SUPERSEDED by a higher-priority channel:

  _libgcc_mutex           pkgs/main::_libgcc_mutex-0.1-main --> anaconda/cloud/conda-forge::_libgcc_mutex-0.1-conda_forge
  cffi                pkgs/main::cffi-1.14.0-py37h2e261b9_0 --> anaconda/cloud/conda-forge::cffi-1.14.0-py37hd463f26_0
  ncurses                 pkgs/main::ncurses-6.2-he6710b0_0 --> anaconda/cloud/conda-forge::ncurses-6.1-hf484d3e_1002
  ruamel_yaml        pkgs/main::ruamel_yaml-0.15.87-py37h7~ --> anaconda/cloud/conda-forge::ruamel_yaml-0.15.80-py37h8f50634_1001
  urllib3                  pkgs/main::urllib3-1.25.8-py37_0 --> anaconda/cloud/conda-forge::urllib3-1.25.7-py37hc8dfbb8_1



Downloading and Extracting Packages
idna-2.9             | 52 KB     | ########################################################################################################################################## | 100% 
tqdm-4.44.1          | 48 KB     | ########################################################################################################################################## | 100% 
tk-8.6.10            | 3.2 MB    | ########################################################################################################################################## | 100% 
yaml-0.2.2           | 82 KB     | ########################################################################################################################################## | 100% 
libgcc-ng-9.2.0      | 8.2 MB    | ########################################################################################################################################## | 100% 
pycosat-0.6.3        | 107 KB    | ########################################################################################################################################## | 100% 
urllib3-1.25.7       | 160 KB    | ########################################################################################################################################## | 100% 
cryptography-2.8     | 617 KB    | ########################################################################################################################################## | 100% 
_libgcc_mutex-0.1    | 3 KB      | ########################################################################################################################################## | 100% 
zlib-1.2.11          | 105 KB    | ########################################################################################################################################## | 100% 
_openmp_mutex-4.5    | 435 KB    | ########################################################################################################################################## | 100% 
pip-20.0.2           | 1.0 MB    | ########################################################################################################################################## | 100% 
readline-7.0         | 391 KB    | ########################################################################################################################################## | 100% 
ruamel_yaml-0.15.80  | 267 KB    | ########################################################################################################################################## | 100% 
setuptools-46.1.3    | 634 KB    | ########################################################################################################################################## | 100% 
ncurses-6.1          | 1.3 MB    | ########################################################################################################################################## | 100% 
requests-2.23.0      | 47 KB     | ########################################################################################################################################## | 100% 
conda-package-handli | 945 KB    | ########################################################################################################################################## | 100% 
xz-5.2.4             | 375 KB    | ########################################################################################################################################## | 100% 
pycparser-2.20       | 89 KB     | ########################################################################################################################################## | 100% 
cffi-1.14.0          | 221 KB    | ########################################################################################################################################## | 100% 
libstdcxx-ng-9.2.0   | 4.5 MB    | ########################################################################################################################################## | 100% 
pyopenssl-19.1.0     | 47 KB     | ########################################################################################################################################## | 100% 
libffi-3.2.1         | 47 KB     | ########################################################################################################################################## | 100% 
chardet-3.0.4        | 169 KB    | ########################################################################################################################################## | 100% 
six-1.14.0           | 13 KB     | ########################################################################################################################################## | 100% 
ld_impl_linux-64-2.3 | 616 KB    | ########################################################################################################################################## | 100% 
libgomp-9.2.0        | 816 KB    | ########################################################################################################################################## | 100% 
wheel-0.34.2         | 24 KB     | ########################################################################################################################################## | 100% 
pysocks-1.7.1        | 27 KB     | ########################################################################################################################################## | 100% 
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done

10.不同的项目（如：分析转录组、基因组组装、重测序等），需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的

比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，怎么办？--别想了，办法就是分身！！按照你的项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。----生信星球

(1)输入 conda info --envs 指令查看当前conda有哪些环境

(base) bio13@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda info --envs
# conda environments:
#
base                  *  /home/bio13/miniconda3

——>就只有 base 一个环境

(2) 若我们要处理转录组数据，就需先建立一个名叫rna-seq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）：输入 conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y 指令

(base) bio13@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done

## Package Plan ##

  environment location: /home/bio13/miniconda3/envs/rna-seq

  added / updated specs:
    - fastqc
    - python=3
    - trimmomatic


The following packages will be downloaded:

    package                    |            build
    ---------------------------|-----------------
    certifi-2019.11.28         |   py38h32f6830_1         149 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    python-3.8.2               |h8356626_5_cpython        58.2 MB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    python_abi-3.8             |           1_cp38           4 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    readline-8.0               |       hf8c457e_0         441 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    setuptools-46.1.3          |   py38h32f6830_0         635 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    sqlite-3.30.1              |       hcee41ef_0         2.0 MB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    trimmomatic-0.39           |                1         142 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
    ------------------------------------------------------------
                                           Total:        61.5 MB

The following NEW packages will be INSTALLED:

  _libgcc_mutex      anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::_libgcc_mutex-0.1-conda_forge
  _openmp_mutex      anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::_openmp_mutex-4.5-0_gnu
  alsa-lib           anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::alsa-lib-1.1.5-h516909a_1002
  ca-certificates    anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::ca-certificates-2019.11.28-hecc5488_0
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  fastqc             anaconda/cloud/bioconda/noarch::fastqc-0.11.9-0
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  freetype           anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::freetype-2.10.1-he06d7ca_0
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  jpeg               anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::jpeg-9c-h14c3975_1001
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  ld_impl_linux-64   anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::ld_impl_linux-64-2.34-h53a641e_0
  libffi             anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::libffi-3.2.1-he1b5a44_1007
  libgcc-ng          anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::libgcc-ng-9.2.0-h24d8f2e_2
  libgomp            anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::libgomp-9.2.0-h24d8f2e_2
  libiconv           anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::libiconv-1.15-h516909a_1006
  libpng             anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::libpng-1.6.37-hed695b0_1
  libstdcxx-ng       anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::libstdcxx-ng-9.2.0-hdf63c60_2
  libtiff            anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::libtiff-4.1.0-hc7e4089_6
  libuuid            anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::libuuid-2.32.1-h14c3975_1000
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  lz4-c              anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::lz4-c-1.8.3-he1b5a44_1001
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  perl               anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::perl-5.26.2-h516909a_1006
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  pthread-stubs      anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::pthread-stubs-0.4-h14c3975_1001
  python             anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::python-3.8.2-h8356626_5_cpython
  python_abi         anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::python_abi-3.8-1_cp38
  readline           anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::readline-8.0-hf8c457e_0
  setuptools         anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::setuptools-46.1.3-py38h32f6830_0
  sqlite             anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::sqlite-3.30.1-hcee41ef_0
  tk                 anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::tk-8.6.10-hed695b0_0
  trimmomatic        anaconda/cloud/bioconda/noarch::trimmomatic-0.39-1
  wheel              anaconda/cloud/conda-forge/noarch::wheel-0.34.2-py_1
  xorg-fixesproto    anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::xorg-fixesproto-5.0-h14c3975_1002
  xorg-inputproto    anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::xorg-inputproto-2.3.2-h14c3975_1002
  xorg-kbproto       anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::xorg-kbproto-1.0.7-h14c3975_1002
  xorg-libx11        anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::xorg-libx11-1.6.9-h516909a_0
  xorg-libxau        anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::xorg-libxau-1.0.9-h14c3975_0
  xorg-libxdmcp      anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::xorg-libxdmcp-1.1.3-h516909a_0
  xorg-libxext       anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::xorg-libxext-1.3.4-h516909a_0
  xorg-libxfixes     anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::xorg-libxfixes-5.0.3-h516909a_1004
  xorg-libxi         anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::xorg-libxi-1.7.10-h516909a_0
  xorg-libxrender    anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::xorg-libxrender-0.9.10-h516909a_1002
  xorg-libxtst       anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::xorg-libxtst-1.2.3-h516909a_1002
  xorg-recordproto   anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::xorg-recordproto-1.14.2-h516909a_1002
  xorg-renderproto   anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::xorg-renderproto-0.11.1-h14c3975_1002
  xorg-xextproto     anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::xorg-xextproto-7.3.0-h14c3975_1002
  xorg-xproto        anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::xorg-xproto-7.0.31-h14c3975_1007
  xz                 anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::xz-5.2.4-h516909a_1002
  zlib               anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::zlib-1.2.11-h516909a_1006
  zstd               anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::zstd-1.4.4-h3b9ef0a_2



Downloading and Extracting Packages
sqlite-3.30.1        | 2.0 MB    | ########################################################################################################################################## | 100% 
python_abi-3.8       | 4 KB      | ########################################################################################################################################## | 100% 
python-3.8.2         | 58.2 MB   | ########################################################################################################################################## | 100% 
trimmomatic-0.39     | 142 KB    | ########################################################################################################################################## | 100% 
setuptools-46.1.3    | 635 KB    | ########################################################################################################################################## | 100% 
readline-8.0         | 441 KB    | ########################################################################################################################################## | 100% 
certifi-2019.11.28   | 149 KB    | ########################################################################################################################################## | 100% 
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
#
# To activate this environment, use
#
#     $ conda activate rna-seq
#
# To deactivate an active environment, use
#
#     $ conda deactivate

(3)激活新的conda环境：输入 conda activate rna-seq 指令

(base) bio13@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda activate rna-seq
(rna-seq) bio13@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$

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