承担风险，是投资人获得收益的前提。
高新技术企业为了获得优惠、延迟缴款、少缴税款，所采取的税收筹划手段，同样存在着不容忽视的风险。
一、利用优惠税率进行税收筹划的风险
高新技术企业资格认定风险。企业享受优惠税率的前提是，能够顺利通过高新技术企业资格认定。企业按照高新企业认定《管理办法》、《工作指引》进行量体裁衣，打造各项指标，可能会使企业的日常运营失去应有的活力，甚至偏离正常的轨道，增加被市场淘汰的风险。
成为“伪高新技术企业”的风险。为了满足认定指标的要求，企业可能会提前或推迟确认收入、将其他费用归集到研究开发费用，以使年销售收入与研究开发费用符合相应的比例；企业可能将其他产品（服务）的收入计入高新技术产品（服务）收入；企业可能将任职不足183天的科技人员或非科技人员，列入科技人员名单。
与受托研发单位合谋的风险。按相关规定，企业委托外部机构或个人进行研发活动所发生的费用，按照费用实际发生额的80%计入委托方研发费用并计算加计扣除。企业可能与受托单位合谋，通过虚列受托单位科研人员劳务费用，套取专项经费并回流至企业。
没能办理税收优惠手续的风险。根据《高新技术企业认定管理办法》，企业获得高新技术企业资格后，需到主管税务机关办理税收优惠手续。如果高新技术企业资格已经获得，但没能主动申报，不仅不能享受相关优惠，还面临着补足少缴税款、缴纳滞纳金、被罚款的风险。
二、利用加计扣除进行税收筹划的风险
为满足高新技术企业认定标准，企业可能会推迟形成无形资产，将更多的研发费用计入当期损益，使得已完成的软件、专利权、非专利技术推迟上市，可能导致在申请专利权时丧失时间优势，在激烈的市场竞争中失去主动权；企业可能会滥用加计扣除政策，将负面清单中所列活动发生的费用纳入加计扣除范围。
加计扣除政策对研究开发费用的归集要求较高。实际工作中，A企业对研发人员的工时统计由技术部门提供，对研发人员的薪酬分配由人力资源部门负责，各类费用归集由财务部门处理。这就对各部门之间的配合提出了较高要求，稍有不慎，就会出现错误和疏漏，存在较大的税收风险。
由于研究开发费用可以加计扣除，且加计扣除力度较大，可能导致企业研发费用投入过度，超出企业的资金承受能力，存在资金链断裂的风险。
企业的经营活动并不孤立，而是处于市场环境当中。被政策优惠吸引的新进企业，会进一步增加市场竞争，原有企业为维持或提高市场占有率，可能会采取降低高新技术产品（服务）售价、增加广告宣传费用等措施，导致收入相对下降、支出增加，存在着优惠政策带来的隐性风险。
三、利用加速折旧进行税收筹划的风险
利用加速折旧优惠政策，企业可以在税后获得更多的现金流量限值。但根据现行政策，加速折旧可能存在税会差异，即企业所得税按照加速折旧申报，而会计处理可以不按加速折旧处理。如果会计上不按加速折旧处理，就难以将折旧额归集到研发费用当中，进而难以享受加计扣除优惠。
在企业盈利较多的情况下，加速折旧的确可以使应纳税所得额尽可能地后移，相当于取得一笔无息贷款，能有效降低资金压力。加速折旧方法一经采用，一般不得变更。一开始折旧过多，不仅会影响到企业利润表中的数据，给投资者以及市场传递负面信号，还可能会导致企业会计利润呈现亏损的状态，如果企业中间年度业绩波动，就可能使以前年度的亏损额度不能得到完全弥补；在企业业绩回升需要折旧冲抵利润时，固定资产已无折旧可提。
受加速折旧优惠的激励，企业可能更愿意付出较高的价格购买可一次性扣除或加速折旧的固定资产，这就使得企业的成本上升，从而减少企业的收益。
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