TCGA风险模型类生信文章中,经常会对高低风险组进行16种免疫细胞和13种免疫功能评分的比较,就会用到一个29个免疫特征的基因集(16种免疫细胞和13种免疫功能评分),如下图:
16种免疫细胞:aDCs(活化的树突状细胞)、B_cells(B细胞)、CD8+_T_cells(CD8+ T 细胞)、DCs(树突状细胞)、iDCs(未成熟的树突状细胞)、Macrophages(巨噬细胞)、Mast_cells(肥大细胞)、Neutrophils(中性粒细胞)、NK_cells(自然杀伤细胞)、pDCs(浆细胞样树突状细胞)、T_helper_cells(辅助性T细胞)、Tfh(滤泡辅助性T细胞)、Th1_cells(Th1辅助细胞)、Th2_cells(Th2 辅助细胞)、TIL(肿瘤浸润淋巴细胞)、Treg(T调节细胞)。
13种免疫功能评分:APC_co_inhibition(抗原呈递细胞公抑制)、APC_co_stimulation(抗原呈递细胞共刺激)、CCR(CC趋化因子受体)、Check-point(检查点)、Cytolytic_activity(细胞溶解活性)、HLA(人类白细胞抗原)、Inflammation-promoting(促炎)、MHC_class_I(主要组织相容性复合体 I类分子)、Parainflammation(副炎症)、T_cell_co-inhibition(T细胞共抑制)、T_cell_co-stimulation(T细胞共刺激)、Type_I_IFN_Reponse(I型干扰素)、Type_II_IFN_Reponse(II型干扰素)
(图片来源:https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fimmu.2023.1171811/full)
但是一般文章都没有提供这个基因列表。2018年一篇文章"(Classification of triple-negative breast cancers based on Immunogenomic profiling)[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6310928/]"中附件1提供了基因集列表。
看看基因集长什么样。
基因集下载地址1:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6310928/bin/13046_2018_1002_MOESM1_ESM.xlsx