29个免疫特征的基因集(16种免疫细胞和13种免疫功能评分)基因列表

TCGA风险模型类生信文章中,经常会对高低风险组进行16种免疫细胞和13种免疫功能评分的比较,就会用到一个29个免疫特征的基因集(16种免疫细胞和13种免疫功能评分),如下图:
16种免疫细胞:aDCs(活化的树突状细胞)、B_cells(B细胞)、CD8+_T_cells(CD8+ T 细胞)、DCs(树突状细胞)、iDCs(未成熟的树突状细胞)、Macrophages(巨噬细胞)、Mast_cells(肥大细胞)、Neutrophils(中性粒细胞)、NK_cells(自然杀伤细胞)、pDCs(浆细胞样树突状细胞)、T_helper_cells(辅助性T细胞)、Tfh(滤泡辅助性T细胞)、Th1_cells(Th1辅助细胞)、Th2_cells(Th2 辅助细胞)、TIL(肿瘤浸润淋巴细胞)、Treg(T调节细胞)。

image.png

13种免疫功能评分:APC_co_inhibition(抗原呈递细胞公抑制)、APC_co_stimulation(抗原呈递细胞共刺激)、CCR(CC趋化因子受体)、Check-point(检查点)、Cytolytic_activity(细胞溶解活性)、HLA(人类白细胞抗原)、Inflammation-promoting(促炎)、MHC_class_I(主要组织相容性复合体 I类分子)、Parainflammation(副炎症)、T_cell_co-inhibition(T细胞共抑制)、T_cell_co-stimulation(T细胞共刺激)、Type_I_IFN_Reponse(I型干扰素)、Type_II_IFN_Reponse(II型干扰素)
image.png

(图片来源:https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fimmu.2023.1171811/full

但是一般文章都没有提供这个基因列表。2018年一篇文章"(Classification of triple-negative breast cancers based on Immunogenomic profiling)[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6310928/]"中附件1提供了基因集列表。

image.png

看看基因集长什么样。

image.png

基因集下载地址1:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6310928/bin/13046_2018_1002_MOESM1_ESM.xlsx

基因集下载地址2:
https://static-content.springer.com/esm/art%3A10.1186%2Fs13046-018-1002-1/MediaObjects/13046_2018_1002_MOESM1_ESM.xlsx

最后编辑于
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 206,482评论 6 481
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 88,377评论 2 382
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 152,762评论 0 342
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 55,273评论 1 279
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 64,289评论 5 373
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 49,046评论 1 285
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 38,351评论 3 400
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 36,988评论 0 259
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 43,476评论 1 300
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 35,948评论 2 324
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 38,064评论 1 333
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 33,712评论 4 323
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 39,261评论 3 307
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 30,264评论 0 19
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 31,486评论 1 262
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 45,511评论 2 354
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 42,802评论 2 345

推荐阅读更多精彩内容