1、从衣带诏事件至司马门事件至荀彧之死，其中最重要的线索之一，是奸雄曹操与他口中的“群臣”的博弈，这群臣当中，最重要的当然是荀彧、崔琰这样的“汉臣”，亦包括钟繇这样的摇摆之人，还包括嫡长子曹丕的属官司马懿。参与博弈两股势力，做世子符合礼法的嫡长子曹丕和群臣是一边，曹操和他所爱的儿子曹植是另一边。从这几集来看，曹操这一边虽手握枪杆子，但势力稍显孤单。曹操以“孤”自称——这样看，他真是名副其实的“孤”了。
2、杨修、丁仪威胁崔琰。崔琰竟有后招来反击。崔的反击策略是类似于苦肉计的自污之计。这整个事件的模板颇像《史记·赵世家》里的“赵氏孤儿”。“赵孤”的主人公是程婴和杵臼，在两人约定之下，程婴以告发杵臼而自污，借机抚养赵氏孤儿长大复仇，然后再以死报友；杵臼则携冒充赵孤的自己的儿子，在被挚友“告发”以后一起先赴死。而在《军师联盟》的处理中，先死的荀彧是公孙杵臼，待杨修等人入狱以后亦赴死的崔琰则是程婴。崔琰这样有后招的“受人逼迫”，也实在大快人心。“赵氏孤儿”一事，虽为《史记》所载，但可信度并不高；然而因与东周春秋质朴壮烈的气息相契合，因此这故事的传播度却很高。《军师联盟》中，荀、崔的反击虽然较“赵孤”之事短而简，但质朴壮烈之气亦有继焉。
3、虽然，放远时空，一边荀、崔，一边曹操，谁输谁赢，很难说清楚。但荀、崔计谋中却能见精神、能见光亮——这“光亮”是崔琰在狱中所提的那种“光亮”。荀彧与曹丕属臣司马懿谈形势人心，崔琰教曹丕的属臣司马懿要“放大眼界”；而曹操教曹植，则不离“权谋”二字，按这剧情走下去的话，魏武王是真有可能会被晋宣帝（即被洗白的本剧主角司马懿）、魏文帝给比下去。
4、“不以康乐而加思”，这好几天了，大牢里郭照写、曹丕念的居然还是那篇《典论·论文》。
5、按《三国志》所写，崔琰是因与杨训的那封“时乎时乎”的书信而死。剧中司马懿感叹说写青史的人难知详情，到底发生了什么不是史书几行字能说清楚。实际上，史书所记，本来很多就只是个结果，欲求因、求深、求隐、求转折，则还要靠历史学家，或者写故事的人。比如正史里写崔琰护持曹丕，一句“琰以死守之”，值得脑补万千言。
6、剧中人喝酒都是浊酒，这与当时酒的过滤技术有关，“一壶浊酒喜相逢”、“浊酒一杯家万里”，这剧中浊酒可为此剧道具考究之证。“冬葵”一节，冬葵也确实是当时重要的常见蔬菜，所谓“青青园中葵”。崔琰、司马懿两人谈“冬葵”时说自己家庭怎样挨饿受苦，大致意思就是地主家也没余粮。而河内司马、清河崔这种，还是当时最大的地主…可见不单百姓渴望安定，地主同样也渴望安定。可惜司马氏的晋朝，给天下带来的安定的时间也并不久。华夏几千年，战乱太多，安定太少了。
7、曹操对司马懿说，将来的曹丕会更严苛。这也许是为未来剧情埋下伏笔。在第十九集，曹丕终于以一句“不能失去你”，答应帮司马懿救司马朗。但司马懿后来又对司马朗说“走着走着，人就变了”——曹丕未来人设走向变得更加扑朔迷离。
8、司马朗获救，绵延五六集的司马门事件终获解决。然而，杨修亦出狱。崔琰、荀彧以死为代价的布局效果被削弱。不过若从让曹丕“不忤逆”曹操的角度权衡，也只能如此了——毕竟曹操是个强人，而杨修等人手里真正的牌，其实不是司马朗，而是曹操对曹植的偏爱。好在从曹操对曹丕一句“暖则痛不发”可以看出，这纷纷扰扰一系列事件，终于让曹操心中天平有了变化。
9、司马朗口鼻出血病倒。按史料，他是死于公元217年的大瘟疫。这十年间，公元208年、公元217年都发生过史料可查的大瘟疫。208年，建安十三年，曹冲病死，那年的赤壁，按《三国志·魏书·武帝纪》，是“大疫，吏士多死者，乃引军还”——因此有人认为导致曹操赤壁战败的，不是周瑜的火攻，而是大瘟疫。217年，建安二十二年，刘桢、司马朗、王粲等人病死。曹丕《与吴质书》：“昔年疾疫，亲故多离其灾，徐、陈、应、刘，一时俱逝”，内中的“昔年”，就是这一年。
