mybatis官方文档：

MyBatis 可以配置成适应多种环境，这种机制有助于将 SQL 映射应用于多种数据库之中， 现实情况下有多种理由需要这么做。例如，开发、测试和生产环境需要有不同的配置；或者共享相同 Schema 的多个生产数据库， 想使用相同的 SQL 映射。许多类似的用例。
不过要记住：尽管可以配置多个环境，每个 SqlSessionFactory 实例只能选择其一。
所以，如果你想连接两个数据库，就需要创建两个 SqlSessionFactory 实例，每个数据库对应一个。而如果是三个数据库，就需要三个实例，依此类推，记起来很简单：
每个数据库对应一个 SqlSessionFactory 实例

所以在使用mybatis + spring时，应配置两个数据源(datasource),每个数据源对应一个SqlSessionFactory，然后为不同的SqlSessionFactory配置不同的
<mybatis:scan base-package ../>即可，要注意的的是，base-package范围小的需要放在配置文件前面
例子：

<beans xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance"
       xmlns:tx="http://www.springframework.org/schema/tx"
       xmlns="http://www.springframework.org/schema/beans" xmlns:aop="http://www.springframework.org/schema/aop"
       xmlns:mybatis="http://mybatis.org/schema/mybatis-spring"
       xsi:schemaLocation="http://www.springframework.org/schema/beans
       http://www.springframework.org/schema/beans/spring-beans-4.0.xsd
       http://www.springframework.org/schema/tx
       http://www.springframework.org/schema/tx/spring-tx-4.0.xsd http://www.springframework.org/schema/aop http://www.springframework.org/schema/aop/spring-aop.xsd http://mybatis.org/schema/mybatis-spring http://mybatis.org/schema/mybatis-spring.xsd">

    <!-- 配置数据源 -->
    <bean id="dataSourceChain" class="com.mchange.v2.c3p0.ComboPooledDataSource"
          destroy-method="close">
        <property name="driverClass" value="${ac.jdbc.driverClassName}"/>
        <property name="jdbcUrl" value="${ac.chain.jdbc.url}"/>
        <property name="user" value="${ac.chain.jdbc.username}"/>
        <property name="password" value="${ac.chain.jdbc.password}"/>
        <property name="minPoolSize" value="${ac.jdbc.miniPoolSize}"/>
        <property name="maxPoolSize" value="${ac.jdbc.maxPoolSize}"/>
        <property name="initialPoolSize" value="${ac.jdbc.initialPoolSize}"/>
        <property name="maxIdleTime" value="${ac.jdbc.maxIdleTime}"/>
        <property name="acquireIncrement" value="${ac.jdbc.acquireIncrement}"/>

        <property name="acquireRetryAttempts" value="${ac.jdbc.acquireRetryAttempts}"/>
        <property name="acquireRetryDelay" value="${ac.jdbc.acquireRetryDelay}"/>
        <property name="testConnectionOnCheckin" value="${ac.jdbc.testConnectionOnCheckin}"/>
        <property name="automaticTestTable" value="${ac.jdbc.automaticTestTable}"/>
        <property name="idleConnectionTestPeriod" value="${ac.jdbc.idleConnectionTestPeriod}"/>
        <property name="checkoutTimeout" value="${ac.jdbc.checkoutTimeout}"/>
    </bean>

    <!--- 第二个数据源 -->

    <bean id="dataSourceApp" class="com.mchange.v2.c3p0.ComboPooledDataSource"
          destroy-method="close">
        <property name="driverClass" value="${ac.jdbc.driverClassName}"/>
        <property name="jdbcUrl" value="${ac.app.jdbc.url}"/>
        <property name="user" value="${ac.app.jdbc.username}"/>
        <property name="password" value="${ac.app.jdbc.password}"/>
        <property name="minPoolSize" value="${ac.jdbc.miniPoolSize}"/>
        <property name="maxPoolSize" value="${ac.jdbc.slave.maxPoolSize}"/>
        <property name="initialPoolSize" value="${ac.jdbc.initialPoolSize}"/>
        <property name="maxIdleTime" value="${ac.jdbc.maxIdleTime}"/>
        <property name="acquireIncrement" value="${ac.jdbc.acquireIncrement}"/>

        <property name="acquireRetryAttempts" value="${ac.jdbc.acquireRetryAttempts}"/>
        <property name="acquireRetryDelay" value="${ac.jdbc.acquireRetryDelay}"/>
        <property name="testConnectionOnCheckin" value="${ac.jdbc.testConnectionOnCheckin}"/>
        <property name="automaticTestTable" value="${ac.jdbc.automaticTestTable}"/>
        <property name="idleConnectionTestPeriod" value="${ac.jdbc.idleConnectionTestPeriod}"/>
        <property name="checkoutTimeout" value="${ac.jdbc.checkoutTimeout}"/>
    </bean>


    <mybatis:scan base-package="com.petkit.ac.adaptor.mapper.chain" factory-ref="mybatisSqlSessionFactoryChain" />
    <bean id="mybatisSqlSessionFactoryChain" class="org.mybatis.spring.SqlSessionFactoryBean">
        <property name="dataSource" ref="dataSourceChain"/>
        <property name="configLocation" value="classpath:/mybatis-config.xml"/>
        <property name="mapperLocations" value="classpath*:/config/mapper/chain/*.xml"/>
    </bean>

    <mybatis:scan base-package="com.petkit.ac.adaptor.mapper.app" factory-ref="mybatisSqlSessionFactoryApp" />
    <bean id="mybatisSqlSessionFactoryApp" class="org.mybatis.spring.SqlSessionFactoryBean">
        <property name="dataSource" ref="dataSourceApp"/>
        <property name="configLocation" value="classpath:/mybatis-config.xml"/>
        <property name="mapperLocations" value="classpath*:/config/mapper/app/*.xml"/>
    </bean>

</beans>