gff文本格式

参考:https://www.plob.org/article/655.html

gff文件格式与gft文件格式:

GFF: General Feature Formate, 每行代表一个feature,每个文件有9列组成。
GTF:General Transfer Formate,是第二代的GFF。

gff是文本文件,由tab键隔开的9列组成,以下是各列的说明:
Column 1: “seqid/seqname”
序列的编号,编号的有效字符[a-zA-Z0-9.:^*$@!+_?-|]
Column 2: “source”
注释信息的来源,比如”Genescan”、”Genbank” 等,可以为空,为空用”.”点号代替
Column 3: “type/ feature”
注释信息的类型,比如Gene、cDNA、mRNA等,或者是SO对应的编号
Columns 4 & 5: “start” and “end”
开始与结束的位置,注意计数是从1开始的。结束位置不能大于序列的长度
Column 6: “score”
得分,数字,是注释信息可能性的说明,可以是序列相似性比对时的E-values值或者基因预测是的P-values值。”.”表示为空。A floating point value.
Column 7: “strand”
序列的方向, +表示正义链, -反义链 , ? 表示未知.
Column 8: “phase/ frame”
仅对注释类型为 “CDS”有效,表示起始编码的位置,有效值为0、1、2。 '0' indicates that the first base of the feature is the first base of a codon, '1' that the second base is the first base of a codon, and so on..
Column 9: “attributes”
以多个键值对组成的注释信息描述,键与值之间用”=“,不同的键值用”;“隔开,一个键可以有多个值,不同值用”,“分割。注意如果描述中包括tab键以及”,=;”,要用URL转义规则进行转义,如tab键用 %09代替。键是区分大小写的,以大写字母开头的键是预先定义好的,在后面可能被其他注释信息所调用。

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