资料来源：中国传统村落数字博物馆
元末，杨氏“四知堂”一脉，从江西迁至这里，刀耕火种、筚路蓝缕，耕读传家，繁衍生息。随后，又有张、陈、方、丁、刘等族人陆续迁入。人们靠山造屋、临水而居，日出而作，日落而息，过着悠然自得的农耕生活。明初，人口繁衍，逐渐形成了聚族而居的传统村落。
万涧村在宋末时期为无人区，自元朝至正三年杨氏迁潜始祖太大公的第五代裔孙真一公为谋坟地来到万涧桃花源定居，后来有各姓相继到此居住，形成古村落。
万涧村在清末为正里八九甲境地，1939年秋成为杜埠乡辖的万涧保。1950年析为槎水区万涧乡，1955年划归余井区管辖，1957年合并成龙潭乡辖的万涧村，1958至1961年分属余井人民公社和龙潭乡人民公社管辖的万涧革命委员会，1981年余井区下辖的龙潭公社分置杜埠公社、龙潭公社，万涧属龙潭公社下辖的万涧革委会。1984年，拆区并乡，改为龙潭乡万涧村。2005年杜埠乡和龙潭乡合并为龙潭乡，万涧村为龙潭乡万涧村。面积22平方公里。
村内有两条河流穿村而过，一条起源于天柱山大天门，流经甘河、上涧、中涧至下涧。一条起源于天柱山蜒蛐石沟，流经村林场、李河至下涧与上涧河汇合于小双河口，统经代湾汇入龙潭河。河道总长7公里。它们配合着其他大小山间小溪，灌溉全村田园，供应居民人畜用水。
2019年6月6日，万涧村被中华人民共和国住房城乡建设部等六部门联合公布为第五批中国传统村落。
