写在前面
近期抽空基于OrthoVenn2给SapBase新增了一个比较基因组方面的模块。OrthoVenn2可对多物种全基因组直系同源基因簇比较和注释，
推荐安装本地版，官方提供了Docker镜像，亲测好用又方便。一方面可以用其对多个物种（没有数目限制，官方在线版似乎最多分析12个物种）一步到位的进行分析，另一方面可以在数据库上直接展示分析结果界面，方便用户访问与使用。
搭建orthovenn2
根据官方教程，直接用Docker
- 安装mongodb，自定义安装路径
docker run --name venns-mongo -v /your_path:/data/db -d -p 27017:27017 mongo:latest
- 安装Web API，orthovenn2主要的分析程序
docker run -d --name venns -p 6001:6001 --link venns-mongo -v /your_path:/data/orthovenn2 -e MONGO_HOST=venns-mongo lufang0411/orthovenn2:latest
- 安装Web Front，这一步的安装路径要与Web API安装路径一致（即与步骤2的安装路径一致）
docker run --name venns-front -p 9999:80 --link venns -v /your_path:/data/orthovenn2 -e API_HOST=venns -e API_PORT=6001 -d lufang0411/orthovenn2-front:latest
- 检查是否都安装好了依赖，以及是否成功启动
docker ps
- 访问地址，默认9999端口，可以自行修改。 注意，如果是云服务器，需要自行在控制台释放端口
http://your_IP:9999/home
一些Docker使用方法
如果你想要关闭Docker容器
docker kill 容器ID
查看已安装的docker容器并启动
##查看容器
docker ps -a
##启动容器
docker start 容器ID
进入容器
docker exec -it 容器ID /bin/bash
windows下安装orthovenn2
需要提前安装好wsl2，参考生信石头的推文
安装好windows版本的docker
剩下的步骤跟linux上的步骤一样，需要用管理员在power shell中运行安装镜像命令，安装完成之后访问地址为http://localhost:9999
- Tips：如果你的服务器跟我的华为云一样辣鸡，跑不起来太多物种的分析。。。但是又想在网页上展示分析结果， 也许你可以在本地找个好点的电脑，先把结果跑完，然后在服务器上也跑一个几条蛋白的结果。最后将本地的结果文件直接覆盖到服务器上的结果文件夹中即可。
写在后面
“现实总是让我们城府深”
