1.推荐ascp 下载
2.NCBI 下载地址
ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR799/SRR799662/SRR799662.sra
ascp 下载
for i in `cat list`;do
/home/xmxjy/.aspera/connect/bin/ascp -v -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -k 1 -T -l200m anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR799/$i/$i.sra ./sra
done
或者
for i in `cat list`;do
/home/xmxjy/.aspera/connect/bin/ascp -v -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -k 1 -T -l200m anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/{SRR|ERR|DRR}/substr($i,1,6)/$i/$i.sra ./sra
done
当然，有些数据可能下不了
用prefetch
/workdir/Biosoft/sratoolkit.2.9.4-2-centos_linux64/bin/prefetch SRR799631 -O .
or
/workdir/Biosoft/sratoolkit.2.9.4-2-centos_linux64/bin/prefetch -option-file SRR_Acc_List.txt -O .
将sra 转为fastq格式
#single-end 单端测序
.../fastq-dump DRR000003.sra # 结果生成DRR000003.fastq
.../fastq-dump --fasta DRR000003.sra # 结果生成DRR000003.fastq
#pair-end 双端测序
.../fastq-dump --split-3 DRR002018.sra # 结果生成 DRR002018_1.fastq，DRR002018_2.fastq
在ENA数据库下载也可以
从ENA数据库进行下载，ENA数据库的数据存放位置是fasp.sra.ebi.ac.uk，ENA在Aspera的用户名是era-fasp，era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk。如果要从ENA数据库下载SRR2976573，
ena 可直接下载fastq文件
ena搜索页面：https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/SRRid
ena ftp：ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/srr/SRR799
ena ascp链接：ra-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/srr/
下载shell脚本
#不加 -P33001 报错
for i in `cat list_no`;do
/home/xmxjy/.aspera/connect/bin/ascp -v -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -k 1 -T -l400m -P33001 era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/srr/SRR799/$i .
done
