1. 针对Pacbio HiFi reads
### 构建index
pbmm2 index ref.fasta ref.mmi
### 比对
pbmm2 align ref.fasta input.bam output.sort.bam --sort --preset HIFI
### call 甲基化
aligned_bam_to_cpg_scores --bam output.sort.bam --output-prefix output --threads 20

2. 针对Pacbio CCS reads
2.1 
### 构建index
pbmm2 index ref.fasta ref.mmi
### 比对
pbmm2 align ref.fasta input.fastq output.sort.bam --sort --rg '@RG\tID:myid\tSM:mysample'
### call 甲基化
aligned_bam_to_cpg_scores --bam output.sort.bam --output-prefix output --threads 20
2.2 
ccsmeth call_hifi --subreads /path/to/subreads.bam 
  --threads 10 
  --output /path/to/output.hifi.bam
CUDA_VISIBLE_DEVICES=0 ccsmeth call_mods 
  --input /path/to/output.hifi.bam 
  --model_file /path/to/ccsmeth/models/model_call_mods.ckpt 
  --output /path/to/output.hifi.call_mods 
  --threads 10 --threads_call 2 --model_type attbigru2s 
  --mode denovo
ccsmeth align_hifi \
  --hifireads /path/to/output.hifi.call_mods.modbam.bam \
  --ref /path/to/genome.fa \
  --output /path/to/output.hifi.call_mods.modbam.pbmm2.bam \
  --threads 10
ccsmeth call_freqb \
  --input_bam /path/to/output.hifi.call_mods.modbam.pbmm2.bam \
  --ref /path/to/genome.fa \
  --output /path/to/output.hifi.call_mods.modbam.pbmm2.freq \
  --threads 10 --sort --bed

3. 针对ONT数据
需要fast5数据
https://nanopolish.readthedocs.io/en/latest/quickstart_call_methylation.html

4. 针对WGBS
bismark_genome_preparation  --path_to_bowtie /path/bowtie2/ <path_to_genome_folder>
bismark  --bowtie2 -o ./output <path_to_genome_folder> -1 read_1.fq.qz -2 read_2.fq.gz
deduplicate_bismark -p A_P_R1_bismark_bt2_pe.bam （bismark比对输出的bam文件）--bam --samtools_path --output_dir
bismark_methylation_extractor
    --pair-end         指定双端数据
    --comprehensive    输出CHG CHH CpG的甲基化信息
    --no-overlap       去除reads重叠区域的bias
    --bedGraph         输出bedGraph文件
    --counts           每个C上甲基化reads和非甲基化reads的数目
    --report           一个甲基化summay
    --cytosine_report  输出全基因组所有CpG
    --genome_folder    <path_to_reference_genome>
    input.bam          输入文件
    -o >output_dir>    输出路径