近来笔者由于研究需要，开始研究Linux系统，并动手安装了VMware和Ubuntu软件。因缘际会（主要是自己开始入坑Github）发现之前在Windows下安装失败的一个R包bignmf无法安装原因。
这个包只能在Ubuntu上测试运行。所以之前在windows上根本无法编译和安装。所以笔者打算在Ubuntu上安装R并安装这个包进行使用。
这里简单解释下bignmf包的用处，它是基于Rcpp和RcppEigen两个包，通过底层C++代码调用实现的一个R包，实现的算法是NMF（Nonnegative Matrix Factorization，非负矩阵分解)，作者是爱荷华州立大学的潘岚峰大神。当然R本身自带也有NMF包，不过语法不是很友好的感觉，此外最近笔者也发现了另外的可以在windows上运行的NMF的R包，NMF的理论和应用方面，包括bignmf的编译安装，后面有时间会更新（先挖坑），这里不做详细介绍。
回到本篇的主要目的，如何在Ubuntu中安装R。
这里提供三个方法：1.Linux安装软件的普遍方法——命令行；2.新立得软件包；3.从官网下载R语言环境源码，自行编译安装。
1.基于命令行的方法
首先先进入/etc/apt/sources.list，变换软件源，同时进入管理员权限
cd /etc/apt/
gedit sources.list
在最下面添加一行，deb后面的网址是镜像，根据你的喜好选一个（反正我推荐清华的，速度快，不过之前用厦大的也不错），具体的镜像地址见后面的网址。
deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/bin/linux/ubuntu xenial/
而ubuntu xenial则是根据ubuntu版本确定的。我的是16.04，所以是xenial。具体的看官方说明，文末贴链接。
完了之后先更新下软件源。就可以开始安装R了。如果我们需要自行编译R包并且安装的话，就需要在安装r-base-dev。不过笔者测试过，3.3.3版本的r-base自带了r-base-dev。所以不需要进行额外安装。
apt-get update
apt-get install r-base
apt-get install r-base-dev
完了之后，官方推荐还可以再加个软件源，是关于R的拓展包的。这里贴出命令的通用格式，可以根据需求替换<>的内容。
也可以添加下载的公共秘钥。
apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys 51716619E084DAB9
deb https://<my.favorite.ubuntu.mirror>/ trusty-backports main restricted universe
完了之后，在命令行里敲入r，出现下面的页面说明安装成功。
2.基于新立得软件管理包
新立得软件管理包是Linux下的神器，可以很方便的管理各类软件和依赖库等（上篇提到的WRF-DA模块编译依赖库有些是用这个安装的，具体过程等介绍WRF安装时补充）。当然一开始我没在我的Ubuntu软件里找到新立得。后面仔细翻了下软件列表。发现了这个软件——Synaptic Package Manager，这个就是新立得软件管理包了。启动它，搜索r-base，如图，右击标记安装，然后应用。
3.基于自行编译的方法
自行编译的方法，笔者没有具体尝试。但是看了下官方文档。大致的流程如下：
官方推荐是组织一个文件夹进行安装，一级文件夹为R_Home，然后把源码解压到R_Home下面，并在下面建立src, doc等多个二级文件夹。
然后回到R_Home文件夹。以管理员身份进入。
./configure
make
make check
make check-all
make check-all是针对全部的编译的（可选），最后在安装即可。
make install
可以改变安装路径
./configure --prefix=/where/you/want/R/to/go
make prefix=/path/to/here install
具体可以见官方文档（链接见文末）
在R装好的情况下，为了写代码方便，推荐安装R最好的IDE，Rstudio。
这边Rstudio的安装就不展开讲了。下载好deb安装文件，直接加命令行安装即可。
dpkg -i rstudio-1.0.136-amd64.deb
在Linux中用Rstudio简单画个散点图。
R语言linux安装官方文档：
R语言镜像地址：
R语言linux编译安装官方文档：
https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-release/R-admin.html#Installation
