包括
- 基因成员的序列特征分析(分子量等电点等)
- 基于motif分析成员序列保守特征与可视化(蛋白与核酸,可用于挖掘未知,尤其是核酸水平-非编码水平的保守)
- 基于domain分析成员结构域的保守型与可视化(往往已知)
- 基因结构分析(包括内含子模式)
- 基因染色体分布情况可视化
新建个文件夹命名基础分析
1 打开下列网址http://web.expasy.org/compute_pi/
用tbtools转换格式
复制第二列序列数据到一个新文本文档onlyseq.txt,并把所有*删除
处理excel文件最后得到如下格式文件
2 motif分析及可视化MEME
等待。。。
下载MAST xml文件
可以在线查看 MAST HTML output链接
打开TBtools
也可以用
3基于domain分析成员结构域的保守型与可视化
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/bwrpsb/bwrpsb.cgi
对比motif和domain看下
domain不怎好看,可以修改hit文件
缺失的序列补回来
另外,可以用下面方式手动修改更好的展示
4 基因结构分析(包含内含子,UTR)
TBtools
菠萝中内含子少,而拟南芥中很多
5 基因染色体分布情况可视化
关注不同,分析不同,形成思考和可能的结论