古四倍体多年生生物质作物芒草的基因组生物学

芒草是一种多年生野草,对造纸生产、屋顶、园艺种植,是一种新兴的高产温带生物量作物。我们报道了一个染色体级别组装的古四倍体芒草基因组,为芒属植物与相关的二倍体高粱和复杂多倍体甘蔗的链接提供了一个资源。转座子在两个同源亚基因组中的不对称分布证明了芒草属是古异源四倍体,并鉴定到了几个同源交换。通过对两个物种群体分析证明了这里两个物种间存在广泛的种间混合和杂交,并证明了高产三倍体生物能源作物AAA的起源。叶、茎和根状茎生长期的转录谱分析为根茎的发育和养分循环提供了洞察力,这一过程对多年生温带草的可持续生物量积累至关重要。芒草基因组扩大了比较基因组的力量来理解蜀黍族草。

大致浏览了下这篇文章,主要做了,基因组的组装注释、两套亚基因组的区分、同源交换的鉴定并证明了同源交换是真实发生的不是组装上的错误、一些转录方面的分析,最后分析了两个群体的基因渐渗。总之,这篇文章做的不错,涉及到基因组学,转录组学,群体遗传学,比较基因组学等。

附原文:

Genome biology of the paleotetraploid perennial biomass crop Miscanthus

https://www.nature.com/articles/s41467-020-18923-6

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