前两天刚介绍了12大经典信号通路,今天就介绍一下和信号通路相关的数据库:KEGG数据,接下来,我们将对该数据进行概述及通路信息检索。
第一:KEGG的简介
KEGG数据库包含了16个子数据库,涵盖了信息系统、基因组信息、化学信息和健康信息。
二、页面介绍
1导航栏
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2 KEGG简介
3 子数据库及链接(点击相应子数据库可以进入相应链接)
4 在线分析工具
二、子数据库信息搜索(以KEGG DISEASE为例)
上一期我们介绍了信息通路,也总结了哪些疾病和哪些通路有关,这里我们可以借助KEEG数据里查询我们研究的疾病是否和你选择的通路密切相关。
点击KEEG DISEASE 进入该搜索界面,以肺癌为例(打开速度有时有点慢,耐心等待哦··后面也没显示全所有的检索信息,就先罗列出来)
点击左侧Entry(蓝色),如H00013,我们可以链接到详细的信息,在新的链接中可以看到对SCLC的description、Category、Brite、Pathway、Gene等相应信息。
下一步,我们介绍他的另一个子数据库,pathway database,我们可以发现它包含了5小类,分别是map、ko、ec、rn、<org>。
以PTEN基因为例,去搜索相应的信号通路,搜索结果如下:
点击相应信号通路图,可以进入map界面,通过左上角下拉菜单,可以在pathway database的五个小类进行切换。
信号通路图的图解可以借助该页面右上脚的“help”,这里还有个总结(来自解螺旋),下面罗列出来
好了,今天先介绍一些KEEG概要,以及对他一些子数据库搜索进行概要,未完待续!