CentOS7服务器配置RStudio-Server并更改R版本

本操作需要root权限

2023-6-14更新

需要添加的R路径变量有两个,建议用conda安装的R,我用R安不上Seurat,换成用conda安就成功了

vi /etc/rstudio/rserver.conf
# Server Configuration File
rsession-ld-library-path=/path/to/anaconda3/envs/${R_VERSION}/lib/
rsession-which-r=/path/to/anaconda3/envs/${R_VERSION}/bin/R

然后还要链接一些东西到/usr/bin/

ln -s /path/to/anaconda3/envs/${R_VERSION}/bin/x86_64-conda* /usr/bin/

并重启RStudio-Server

下载并安装RStudio-Server

RStudio官网选择server免费版

选server

选免费版

选CentOS

两行代码搞定

wget https://download2.rstudio.org/server/centos7/x86_64/rstudio-server-rhel-2022.07.2-576-x86_64.rpm
sudo yum install rstudio-server-rhel-2022.07.2-576-x86_64.rpm

开启8787端口并重启RStudio-Server

systemctl enable rstudio-server.service
systemctl start rstudio-server.service
systemctl status rstudio-server
firewalld
firewall-cmd --permanent --add-port=8787/tcp
firewall-cmd --permanent --add-port=8787/udp
firewall-cmd --reload
rstudio-server restart

使用浏览器登录

地址栏输入IP:8787


输入服务器账号密码(不要用root登录)

修改R版本

CentOS7似乎不支持anaconda或者tar.gz格式的R
试了很多次各个版本都会导致不能启动server
然后发现官网其实有提示要下载rpm格式


点击这个文件

不知道是什么东西但反正照做就是了
# Enable the Extra Packages for Enterprise Linux (EPEL) repository
sudo yum install https://dl.fedoraproject.org/pub/epel/epel-release-latest-7.noarch.rpm 

# On RHEL 7, enable the Optional repository
sudo subscription-manager repos --enable "rhel-*-optional-rpms"

# If running RHEL 7 in a public cloud, such as Amazon EC2, enable the
# Optional repository from Red Hat Update Infrastructure (RHUI) instead
sudo yum install yum-utils
sudo yum-config-manager --enable "rhel-*-optional-rpms"
然后下载所需版本的rpm格式的R
export R_VERSION=4.2.1 #或者其他你需要的版本
curl -O https://cdn.rstudio.com/r/centos-7/pkgs/R-${R_VERSION}-1-1.x86_64.rpm
sudo yum install R-${R_VERSION}-1-1.x86_64.rpm

免费版server并不支持多个R版本自由切换


tools-option-general没有更改R版本选项

理论上说是可以更改配置文件解决的

vi /etc/rstudio/rserver.conf

然后添加R路径变量

# Server Configuration File
rsession-which-r=/opt/R/${R_VERSION}/bin/R

并重启RStudio-Server

rstudio-server restart

但实际上这样会导致无法登录,换成anaconda或者某人家目录下R的路径也行不通,最后的解决办法是

sudo ln -s /opt/R/${R_VERSION}/bin/R /usr/bin/R #默认路径也可能是/usr/local/bin/R,都可以试试
sudo ln -s /opt/R/${R_VERSION}/bin/Rscript /usr/bin/Rscript

默认路径也可能是/usr/local/bin/R,都可以试试
然后重启RStudio-Server就可以看到R版本切换成功

rstudio-server restart

早知道按官网来半小时就搞定了-_-|||
安好了还可以更改一下其他配置哦~

参考:https://www.jianshu.com/p/39ef81e24e1b

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