刘小泽写于18.10.30 晚9.50
还欠了一篇limma+edgeR的，应该要写完文章再补了🤔
最近写第一篇论文的我，写完了才发现，对分区还不了解，老师问我拟投期刊的时候，蒙了一下，过去以为写完就是万事大吉，今晚和一起吃饭的师姐一讨论才发现，原来发文章有这么多讲究，不比写文章简单。于是，还是和学习分析数据一样，我想要先知己知彼，探究一下sci的背景知识，才能从容应对边看发布会边写的果粉
了解SCI
闲言碎语不多讲
什么是SCI？
SCI是美国科学情报研究所出版的期刊文献检索工具，收录了全世界出版的自然科学各个学科的核心期刊3700多种。当然每年有一些被踢出的，原因很多，
- 常年影响因子低，像Biomedical Research-INDIA，常年保持0.2左右
- 自引率太高，超过40%就比较危险，如5分的Cellular Physiology and Biochemistry
- 审稿机制存在问题，如Tumor Biology撤了107篇灌水文，另外Oncotarget也踢了
- 巨额版面费，如Genetics and Molecular Research
关于两个分区方法：
国内主流参考的SCI分区依据主要有中科院JCR分区表以及汤森路透JCR的Journal Ranking分区两种，汤森路透没有大学科，只有176个小学科，中科院JCR分区有13个大类，包括医学、工程技术、生物、环境、化学等。另外每个大类可以细分为更多小类，具体可以上leuhub网站查询，或者输入“期刊名 + 投稿”就出来了，可以看到小类和大类的分区有时是有区别的
中科院的被更多的机构采用，一般发表在1区和2区的SCI论文，通常被认为是该学科领域的比较重要的成果。
关于影响因子计算
汤森路透采用当年的影响因子计算，而中科院分区采用的是三年平均影响因子，减少了某些年影响因子的变动幅度影响。
汤森路透的1区是前25%，2区是26-50%，3区是51-75%，4区是后25%；
中科院按照这个标准划分为1区（最高区）、2区、3区和4区四个等级，呈金字塔分布，前5%为该类1区、6%～20% 为2区、21%～50%为3区，其余为4区。另外还有Top期刊，划分标准是：1区期刊直接划入Top范围内；2区中2年总被引频次指标位于前10%的期刊也归入Top期刊集合。
关于各个大出版社
- 世界最大的出版集团Elsevier，每年出超过2000种期刊，Lancet、Cell等，版面费5000刀+
- 德国的Springer是第二大集团，总共3000左右期刊，但与生物医学有关的并不多，10分一下偏多
- Plos系列：PLOS ONE（曾经许多博士追求的）、PLOS Biology、PLOS Medicine等，出版费3000-4000刀
- NPJ：Nature的子刊们，像Nature Communications、Scientific reports等，版面费1700-3000刀+
- Willey：1500种期刊左右，主要面向病理
从一个审稿人角度出发
上学时，总是听到老师说：多从出题人角度出发，看看他想要什么？
于是这是有同学回答：“想整死我！”
虽说是笑话，但是不考虑出题人（审稿人）的世界，是万万不可的，的确有风险被拒绝。
编辑的后台都有什么？这个解答来自Willey亚太总监José Oliveira博士
- 可以看到作者的投稿历史
- 与各个数据库的比对结果，根据这个判断是否存在抄袭，实验部分如果有一些重复是允许的，但是全文大量重复会被列入黑名单
- 开始检查：先看文章是否符合期刊范围，然后看格式，再看文章长度、创新度
- 浏览：Cover Letter（这里建议体现文章的重要性同时长度不要太长）
- 阅读：摘要、关键词、参考文献（最好是近几年的，同时控制自引率）、图标（字体一致、美观）、结论
编辑给审稿人建议（一般一两周通知，此时文章正式开始被评审），审稿的过程有合约审稿、义务审稿，合约的速度会快一些，义务的会出现拒稿。
然后审稿人评审后，会附带编辑的意见返回，比如
- 数据与结论吻合程度
- 原创性、创新度、重要性
- 全文逻辑是否清晰、是否需要增加内容
- 缺陷、错误
接下来，开始惊心动魄，漫长紧张的等待～
结果如果审稿都没问题，就进入minorevision（小修）阶段；
如果一优一差（五五开，最常见，需要进行更多的修改，manorevision-大修。需要逐条回复并非所有意见都要改正，如若不改，须注明原因，返回稿需要用高亮显示作出的改动。如果返回的符合要求，就可以直接发表或者小修）
一般常见的修改内容：
- 未引用重要参考文献。一般绝大部分的参考文献出现在前言介绍，许多期刊会限制期刊的数量，有的少于60，有的少于30
- 实验步骤不完整，给人感觉是：结果不错，但是实验达不到要求
- 结果人工干预过多
- 研究结果没有深入分析，即没有说明重要的意义。一般好文章讨论部分要占到三分之一
- 重复率高，比如实验方法照抄文献
- 结论包含了实验未涉及的点
得到审稿意见之后，一般不要申诉，这样会延长发表周期【文章的亮点一定要在cover letter中告诉审稿人】
关于投稿信的写法以及后续一些信件来往，可以参考：
小小福利
看到这里，说明你很有耐心，因为今天的不是什么技术性文章，所以不是很上档次，送你一个小福利吧，下载中英文文献少不了吧，去这个网站http://www.sci-hub.ac.cn/index.html，可以当sci-hub挂掉的时候替补
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