bedtools软件一款强大的基因组数据处理工具集，如序列提取，合并，拆分等
1、软件的安装两种方式
第一种下载软件安装，进入到自己存放软件的文件夹
wget https://github.com/arq5x/bedtools2/releases/download/v2.30.0/bedtools-2.30.0.tar.gz
下载完后解压
tar -zxvf bedtools-2.30.0.tar.gz
cd bdtools2
mkae 编译报错
cram/cram_io.c:57:10: fatal error: bzlib.h: No such file or directory
include <bzlib.h>
解决
yum install bzip2-devel.x86_64
make 又报错
cram/cram_io.c:61:10: fatal error: lzma.h: No such file or directory
#include <lzma.h>
解决
dnf install xz-devel
再make 编译没有报错
输入bedtools 显示安装成功
第二种方法，直接用conda 安装
conda activate xxx 激活一个环境conda环境
conda install bedtools
2、bedtools 的使用
用来提取染色体指定位置序列，如第一条染色体从第200bp 到 4000bp 的片段。需要两个文件，一个基因组序列xx.fa，一个位置信息的locus.bed。
bed文件常包括3列，第一列为染色体如chr1，第二列为截取起点位置，第三列为截取终止位置。注：序号从0开始为第一个
bedtool getfast -fi 输入文件 xx.fa -bed 位置信息文件 locus.bed -fo 输出文件 output.fa
未完待续。。。
