library(pheatmap) # 加载pheatmap这个R包
# 1，读取热图数据文件
df = read.delim("https://www.bioladder.cn/shiny/zyp/demoData/heatmap/data.heatmap.txt", #文件名称 注意文件路径，格式
header = T, # 是否有标题
sep = "\t", # 分隔符是Tab键
row.names = 1, # 指定第一列是行名
fill=T) # 是否自动填充，一般选择是
# （可选）读取分组数据文件
# dfSample = read.delim("https://www.bioladder.cn/shiny/zyp/demoData/heatmap/sample.class.txt",header = T,row.names = 1,fill = T,sep = "\t")
# dfGene = read.delim("https://www.bioladder.cn/shiny/zyp/demoData/heatmap/gene.class.txt",header = T,row.names = 1,fill = T,sep = "\t")
# 2，绘图
pheatmap(df,
# annotation_row=dfGene, # （可选）指定行分组文件
# annotation_col=dfSample, # （可选）指定列分组文件
show_colnames = TRUE, # 是否显示列名
show_rownames=TRUE, # 是否显示行名
fontsize=2, # 字体大小
color = colorRampPalette(c('#0000ff','#ffffff','#ff0000'))(50), # 指定热图的颜色
annotation_legend=TRUE, # 是否显示图例
border_color=NA, # 边框颜色 NA表示没有
scale="row", # 指定归一化的方式。"row"按行归一化，"column"按列归一化，"none"不处理
cluster_rows = TRUE, # 是否对行聚类
cluster_cols = TRUE # 是否对列聚类
)
R语言画DEG热图
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
- 文/潘晓璐 我一进店门，熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来，“玉大人，你说我怎么就摊上这事。” “怎么了？”我有些...
- 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着，像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上，一...
- 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼，长吁一口气：“原来是场噩梦啊……” “哼！你这毒妇竟也来了？” 一声冷哼从身侧响起，我...
推荐阅读更多精彩内容
- 本篇文章介绍R语言默认热图函数heatmap 首先我们阅读了说明书（文章最后） ——————** heatmap说...
- heatmap.2（）函数属于R语言gplots程序包。我们根据说明书所给测试例子运行代码，一步一步认识heatm...
- 论文 Evolutionary origins of the SARS-CoV-2 sarbecovirus li...
- 在简书 土豆学生信 分享的内容看到这篇论文 简书的链接是 https://www.jianshu.com/p/bb...
- 论文 The flying spider-monkey tree fern genome provides ins...
