forestplot.jpg
R实战 | 森林图绘制
回答一下R绘图实战|GSEA富集分析图 - 知乎 (zhihu.com)里会员的问题。简单的森林绘制。
Multivariate logistic regression determined independent candidate diagnostic biomarkers.
Ref：He S, Deng Z, Li Z, et al. Signatures of 4 autophagy-related genes as diagnostic markers of MDD and their correlation with immune infiltration. J Affect Disord. 2021;295:11-20. doi:10.1016/j.jad.2021.08.005
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森林图
森林图是一种简单直观地展示单一研究和汇总研究的图形，广泛应用于荟萃分析、观察研究和临床试验中。
Odds ratio(OR)
在病例对照研究（case-control study）中，分析暴露风险因素与疾病（或者用药）的关联程度；主要是反映暴露与疾病之间关联强度的指标，OR常适用于病例对照研究，也可以运用于前瞻性的研究（当观察时间相等时）
OR值的统计学意义：
- OR>1，暴露与疾病的危险度增加，两者呈正相关
- OR<1，暴露与疾病的危险度减少，两者呈负相关
- OR=1，暴露与疾病的危险度无关，两者呈不相关
绘制
library(survival)
library(survminer)
library(eoffice) #导出ppt用
# 构建模型
# 以colon数据为示例数据
# 时间变量是time，结局变量是status，自变量选择 sex，rx和 adhere
model <- coxph( Surv(time, status) ~ sex + rx + adhere,
data = colon )
# 森林图
ggforest(model, #coxph得到的Cox回归结果
data = colon, #数据集
main = 'Hazard ratio of colon', #标题
cpositions = c(0.05, 0.15, 0.35), #前三列距离
fontsize = 1, #字体大小
refLabel = 'reference', #相对变量的数值标签，也可改为1
noDigits = 3 #保留HR值以及95%CI的小数位数
)
Snipaste_2022-03-04_22-16-36
参考
GitHub - cardiomoon/autoReg: R package autoReg
木舟笔记2022年度VIP企划
关于木舟笔记2022年度VIP会员企划
https://mp.weixin.qq.com/s/cTf38LqiV07ILX3PeVEQFA
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