前言

上天会告诉你那个文件才是需要用的吗？

不会！

但我会！（点个赞，大个赏呗～）

数据下载后，相信我，小白连看哪个数据都会不知道的！

当然，数据分析的第0章，数据下载，也不是普通人可以handle的，

我可以说一天！～

首先我们需要申请dbGAP的权限，通过特殊的工具下载数据到硬盘中（或者服务器中）。

数据长这个样子：

我们要的数据在Genotype文件夹里面

一直切换到“.CADM”,然后你就会看到“map”和“ped”文件。（GWAS分析-说人话（2）认识文件名）

首先，这里有一个经验性的注意地方：

硬盘可能不能读写数据，意味着输入指令后，不能够输出任何结果到硬盘上（小白就会一直报错，一直不知道为什么“我又错了”！）

所以要在自己的电脑，想要的地方，创建一个文件夹

（当然，你可以右建新建，不过这个做法是会被鄙视的！）

没错，这就是老屁股对新人的态度～

让我来告诉小白如何辗压“老屎忽”：

1.首先，cd到想要的路径

2.然后，midir XXX

（大神请忽略下面复习内容：

#复习：

#（删除文件夹实例：

#rm -rf/User/Dhyana/desktop （当然也可以cd到该文件夹，rm -rf 文件夹名称，删除）

#将会删除 /User/Dhyana/desktop目录以及其下所有文件、文件夹

#删除文件使用实例：

#rm -f /User/Dhyana/desktop/test.py

#将会强制删除/User/Dhyana/desktop/test.py这个文件）

#使用这个rm -rf的时候一定要格外小心，linux没有回收站的，删除之后再想找回就很难了）

说人话：

可能不能直接在硬盘上写数据，换个自己的工作目录！～

接着，开始下面的plink操作：

把map和ped文件转换成2进制文件（当然是为了后续分析用啊，不然才难得搞呢！）

（为什么要有这个转换？天下武功唯快不破，二进制文件电脑看得高兴啊！～）

（大神请忽略下面复习内容：

#复习一下plink的基本格式：

#plink --filechr2--make-bed --outchr2

调动Plink --处理得文件 --执行的操作 --给个名字

#把map和ped文件转换成2进制文件的代码：

#plink --filechr2--make-bed --outchr2

#这个基本的操作，就是要转化chr2（想要的系列文件，plink都是一组组数据一起处理的）成一个bed文件

#即：PED/MAP转为二进制格式）

好吧，反正有事网上“不华不实”的参考代码！！！！！

说人话：

现实是这样子的：

/Users/seedson/Downloads/plink_mac_20190617/plink --file /Volumes/Seagate\ Backup\ Plus\ Drive/70389_LungSomke/CGEMS/GENEVA_LungCancer/phs000093v2/p2/genotype/phg000206v1/phg000206.v1.GENEVA_LungCancer.genotype-imputed-data.c1.CADM/chr2 --make-bed --out chr2

我会给大家说人话的：

#调动Plink（查找你的plink在哪里了：

/Users/seedson/Downloads/plink_mac_20190617/）

#输入文件（ 查找你的文件在哪里，拖进terminal：

/Volumes/Seagate\ Backup\ Plus\ Drive/70389_LungSomke/CGEMS/GENEVA_LungCancer/phs000093v2/p2/genotype/phg000206v1/phg000206.v1.GENEVA_LungCancer.genotype-imputed-data.c1.CADM/chr2 

#产生2进制文件

--make-bed 

#命名一个名字

--out chr2 

这是在个人的mac上运算的，考虑计算能力，只能一个一个做了

（大神可以在服务器上直接全跑了，求不要鄙视～）

运行时的样子：

会显示运行进度

运行后，在指定位置（刚刚cd到的地方）产生的数据：

产生的数据

#本例处理的是染色体3，后面提取的染色体，走的一样的程序，因为我要提取不同的染色体，所以其实就是不断改名字的反复操作了（如2，改3，3改5，根据染色体而定）如：

染色体3:

/Users/seedson/Downloads/plink_mac_20190617/plink --file /Volumes/Seagate\ Backup\ Plus\ Drive/70389_LungSomke/CGEMS/GENEVA_LungCancer/phs000093v2/p2/genotype/phg000206v1/phg000206.v1.GENEVA_LungCancer.genotype-imputed-data.c1.CADM/chr3 --make-bed --out chr3 

染色体4:

/Users/seedson/Downloads/plink_mac_20190617/plink --file /Volumes/Seagate\ Backup\ Plus\ Drive/70389_LungSomke/CGEMS/GENEVA_LungCancer/phs000093v2/p2/genotype/phg000206v1/phg000206.v1.GENEVA_LungCancer.genotype-imputed-data.c1.CADM/chr4 --make-bed --out chr4 

等等.......(我已经粗体需要修改的部分了，不用我把23个染色体都写出来吧？)

以上