1.Hibernate是全自动，而MyBatis是半自动。
Hibernate完全可以通过对象关系模型实现对数据库的操作，拥有完整的JavaBean对象与数据库的映射结构来自动生成sql。而MyBatis仅有基本的字段映射，对象数据以及对象实际关系依然需要通过手写sql来实现和管理。
2.Hibernate数据库移植性远大于MyBatis。
Hibernate通过它强大的映射结构和hql语言，大大降低了对象与数据库（Oracle、MySQL等）的耦合性，而MyBatis由于需要手写sql，因此与数据库的耦合性直接取决于程序员写sql的方法，如果sql不具通用性而用了很多某数据库腾讯的sql语句的话，移植性也会随之降低很多，成本很高。
3.Hibernate拥有完整的日志系统，MyBatis则欠缺一些。
Hibernate日志系统非常健全，涉及广泛，包括：sql记录、关系异常、优化警告、缓存提示、脏数据警告等；而MyBatis则除了基本记录功能外，功能薄弱很多。
4.MyBatis相比Hibernate需要关心很多细节。
Hibernate配置要比MyBatis复杂的多，学习成本也比MyBatis高。但也正因为MyBatis使用简单，才导致它要比Hibernate关心很多技术细节。MyBatis由于不用考虑很多细节，开发模式上与传统jdbc区别很小，因此很容易上手并开发项目，但忽略细节会导致项目前期bug较多，因而开发出相对稳定的软件很慢，而开发出软件却很快。Hibernate则正好与之相反。但是如果使用Hibernate很熟练的话，实际上开发效率丝毫不差于甚至超过MyBatis。
5.sql直接优化上，MyBatis要比Hibernate方便很多。
由于MyBatis的sql都是写在xml里，因此优化sql比Hibernate方便很。而Hibernate的sql很多都是自动生成的，无法直接维护sql；虽有hql，但功能还是不及sql强大，见到报表等变态需求时，hql也歇菜，也就是说hql是有局限的；Hibernate虽然也支持原生sql，但开发模式上却与orm不同，需要转换思维，因此使用上不上非常方便。总之写sql的灵活度上Hibernate不及MyBatis。
