人作为高级动物具有基本的生物需求，由于这些需求产生了三种本性：知觉性，趋避性，以及判断性。在三大本性的基础上，人的精神波动极其起因大致可以分为三种。
第一层：X是X的。在这个层面上，人在直观层面上对世界有了一个基本的认识，例如火是热的，冰是凉的，花是美的等等。这一层的认知会随着一个人的成长逐渐丰富和扩展，起作用的主要是知觉性。
第二层：X是X的，所以我X。在这一层中，人对世界给予的刺激开始有了理解和反馈以及行为，如吃饭是有用的，所以我需要食物。在这一层中，起作用的主要是判断性。
第三层：X是X的，我X了，于是我感觉X。在这一层面中，人对自己的行为产生了评价机制，并因此强化或弱化某些行为。如：火是热的，我摸了火，感受到了疼痛，疼痛是坏的，因此我不想再去触碰火了。在这一层中，起作用的主要是趋避性。
三层活动的关系：
首先，三层精神活动存在等级性及基础性，层数高的建立在层数低的活动之上，没有低层活动就没有高层活动。其次，三层活动存在重叠性及衍生性，三层活动通过无数次复杂或简单的重合，分离，发展，扭曲建立起了一个人所有的精神活动。
由此，对于精神问题的起源，我们必须找到问题位于哪个层面上，才能最好的治疗和改造它。
当问题出现在第一层时，通常是混淆居多，例如色盲。常人的知觉是红=红，而他们的知觉经常是其他颜色=红，红=其他颜色或绿=红，红=红。相对来说，后者比前者易发现些。因此，治疗色盲最佳的办法是让他们感受到真实的颜色，而不是强行建立一个脆弱的反射行为。
当问题出现在第二层时，患者表现出一种无力感，因为他们对出现的问题无法正确的判断，因此也就无法通过第三层的调控作用调控行为。例如脑瘫患者，他们本身对世界的基本认知没有问题，但是往往不能做出进一步的判断，因此更不要说进入第三层对行为进行调控。因此，治疗脑瘫患者，主要的着力点应该是恢复他们的判断力，而不是强行将第一层与第三层打通关系，例如反复重复“我是你XXX，你应该XXX”这种需要一二三层协同运转的刺激。
当问题出现在第三层时，患者表现出一种偏执感。由于一二层结构基本正常，患者常常表现为生活方式及行为上的问题，而并不像前两种患者一般出现行为障碍。例如恐惧症患者，他们知道某物是什么样子，也知道它是好的或坏的，但是他们通常无法调控自己的行为。因此，我们必须恢复他们调控行为的能力，而不是一味地帮他们强化正常的知觉和判断，例如告诉黑暗恐惧症患者“黑夜没什么可怕的。”
