在进行背景校正的时候,出现报错
y <- backgroundCorrect(x, method="normexp")
Error in (function (classes, fdef, mtable) :
unable to find an inherited method for function ‘backgroundCorrect’ for signature ‘"EListRaw"’
查找到徐洲更的解决报错方案
「Debug R」报错"unable to find an inherited method for function"是如何产生的
想着函数出错的原因:1、未加载相应的包
2、包中函数互相冲突
3、其中一个包的函数屏蔽了另外的包中的函数
然后搜索了一下在我的R中存在两个包有“backgroundCorrect”函数
之后看到小洁的文章中说使用的是limma包,而解螺旋老师给的oligo函数是处理昂飞芯片的,于是使用limma包中的函数
y <- limma::backgroundCorrect(x, method="normexp")
出现了小洁老师文章中的数据,算是解决了一个问题。
小洁老师处理安捷伦芯片原始数据文章链接
aglient芯片原始数据处理