单细胞测序数据进阶分析—《细胞通讯》2.1CellChat基础分析教程

前言

在前面的一讲内容里(单细胞测序数据进阶分析—《细胞通讯》1.概论)我们已经给大家介绍了细胞通讯的基本概念。本讲的内容主要是带领大家走一遍CellChat最基础的workflow,类似于我们学习Seurat时的“单样本分析”部分,旨在向大家介绍CellChat的基本语法、用法及功能。本次课程所涉及的代码测试文件在公众号后台中回复“CellChat.P1”获取。后续的代码如果不出意外都会在西柚云中制作(https://www.xiyoucloud.net/aff/UPWEQQBD)。

时长超啦,完整视频直接去B站看吧:

Cellchat基础分析教程 实操

Cellchat基础分析代码结果一览:

单细胞测序数据进阶分析—《细胞通讯》2.1CellChat基础分析



往期回顾

B站视频,先看一遍视频再去看推送操作,建议至少看三遍:

保姆级教程 《手把手教你做单细胞测序数据分析》

保姆级教程,代码部分整理在往期推送之中:

手把手教你做单细胞测序数据分析(一)——绪论

手把手教你做单细胞测序数据分析(二)——各类输入文件读取

手把手教你做单细胞测序数据分析(三)——单样本分析

手把手教你做单细胞测序数据分析(四)——多样本整合

手把手教你做单细胞测序数据分析(五)——细胞类型注释

手把手教你做单细胞测序数据分析(六)——组间差异分析及可视化

手把手教你做单细胞测序数据分析(七)——基因集富集分析

上游fastq文件处理:

单细胞分析的最上游——处理Fastq文件:cellranger

单细胞分析的最上游——处理Fastq文件:dropseqRunner

其他单细胞相关技术贴也在这里:

细胞的数量由誰决定?

单细胞中应该如何做GSVA?

答读者问(三):单细胞测序前景

答读者问(四):如何分析细胞亚群

答读者问(六):Seurat中如何让细胞听你指挥

答读者问(八):为什么Read10X也会报错?

答读者问(十)整合后的表达矩阵,如何拆分出分组信息?

答读者问(十一)如何一次性读取一个目录下的cellranger输出文件?

单细胞文献阅读:

文献阅读系列(八)、不会吧不会吧,Nature都能白嫖?

文献阅读系列(十一)、高氧下小鼠肺发育损伤的ScRNA图谱

文献阅读系列(十二)、IgAN & STRT-Seq

非技术帖:

关于单细胞的事 谈谈后面的计划

Biomamba助推的第一篇论文发表啦



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