前言
在前面的一讲内容里(单细胞测序数据进阶分析—《细胞通讯》1.概论)我们已经给大家介绍了细胞通讯的基本概念。本讲的内容主要是带领大家走一遍CellChat最基础的workflow,类似于我们学习Seurat时的“单样本分析”部分,旨在向大家介绍CellChat的基本语法、用法及功能。本次课程所涉及的代码、测试文件在公众号后台中回复“CellChat.P1”获取。后续的代码如果不出意外都会在西柚云中制作(https://www.xiyoucloud.net/aff/UPWEQQBD)。
时长超啦,完整视频直接去B站看吧:
Cellchat基础分析代码结果一览:
单细胞测序数据进阶分析—《细胞通讯》2.1CellChat基础分析
往期回顾
B站视频,先看一遍视频再去看推送操作,建议至少看三遍:
保姆级教程,代码部分整理在往期推送之中:
手把手教你做单细胞测序数据分析(六)——组间差异分析及可视化
上游fastq文件处理:
单细胞分析的最上游——处理Fastq文件:cellranger
单细胞分析的最上游——处理Fastq文件:dropseqRunner
其他单细胞相关技术贴也在这里:
答读者问(十一)如何一次性读取一个目录下的cellranger输出文件?
单细胞文献阅读:
非技术帖:
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