记录一下今天遇到的问题,在利用getGEO函数下载GEO表达矩阵的时候提示:found 2 files(因为我之前去官网下载过matrix文件,接下来跑代码就有点蒙圈)
find 2 answers:
1,官网正在更新(额,没有意义。)
2,改getGEO的相关参数
原参数:a=getGEO('GSE27678',destdir=".", AnnotGPL = F, getGPL = F)
得到的是list,要想得到对象可以用b = a[[1]]
tips:经常class一下
改成:a=getGEO('GSE27678',filename = 'GSE27678-GPL570_series_matrix.txt.gz' ,destdir=".",AnnotGPL = F, getGPL = F)
就可以下载我想要的矩阵,值得一提的是,这个时候得到是一个对象,取这个对象直接用exprs这个函数,就能得到矩阵了,开森,又学到了。吼吼吼。。
getGEO函数
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