首先是准备数据

画热图的数据

image.png

数据是随便构造的，没啥意义

表示样本的分组数据

image.png

表示基因的一个分组数据

image.png

作图代码

读入数据

df1<-read.xlsx("heatmap/heatmap_example.xlsx",
               sheetName = "Sheet1",
               row.names=1)
df1
df2<-read.xlsx("heatmap/heatmap_example.xlsx",
               sheetName = "Sheet2",
               row.names=1)
df2
df3<-read.xlsx("heatmap/heatmap_example.xlsx",
               sheetName = "Sheet3",
               row.names=1)
df3

作图

library(pheatmap)
anno_colors<-list(
  Group1=c(A="red",B="blue"),
  Group2=c(Up="red",Down="blue")
)
pheatmap(df1,
         annotation_row = df3,
         annotation_col = df2,
         annotation_colors = anno_colors)

这里遇到报错
Error in convert_annotations(annotation_col, annotation_colors) : Factor levels on variable Group1 do not match with annotation_colors

大体能猜到是表示基因的分组信息和代码里自定义颜色的部分对不上，可是检查了好长时间也一直没有发现问题在哪里，过了一段时间运行table(df3$Group2)命令的时候才发现了问题

image.png

table的输出结果里默认的是右对齐，Up那个没有对齐是以为p后面还有一个空格，最终报错的原因是准备原始数据的时候不小心在文本后多加了一个空格，最终浪费了好长时间，做人途准备数据的时候一定要认真，这里的数据必须是完全对应上才可以

最终的画图结果是

image.png

完整代码

library(xlsx)
help(package="xlsx")
df1<-read.xlsx("heatmap/heatmap_example.xlsx",
               sheetName = "Sheet1",
               row.names=1)
df1
df2<-read.xlsx("heatmap/heatmap_example.xlsx",
               sheetName = "Sheet2",
               row.names=1)
df2
df3<-read.xlsx("heatmap/heatmap_example.xlsx",
               sheetName = "Sheet3",
               row.names=1)
df3

library(pheatmap)
anno_colors<-list(
  Group1=c(A="red",B="blue"),
  Group2=c(Up="red",Down="blue")
)
pheatmap(df1,
         annotation_row = df3,
         annotation_col = df2,
         annotation_colors = anno_colors)

示例数据自己模仿开头的图片自己构造就可以啦，如果这个示例数据的话直接在文末留言就可以了

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